個(gè)別基因的格式可能不太對(duì)踩娘，如果基因不缺就沒(méi)問(wèn)題
mVISTA格式文件：由Perl腳本處理GenBank注釋文件而來(lái)Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1日矫、簡(jiǎn)要說(shuō)明 mVISTA是常用的葉綠體基因組...
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@9d20ded416d6 環(huán)境變量有可能，或者安裝的不是activeperl芬位？或者操作系統(tǒng)更新到11了？只是猜測(cè)。其它可能性就不清楚了，實(shí)在不行換臺(tái)電腦試試吧骚露，沒(méi)碰上過(guò)。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說(shuō)明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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電腦本身的cmd可能有問(wèn)題缚窿，或者不在環(huán)境變量里面棘幸，或者系統(tǒng)沒(méi)有權(quán)限，或者其它原因倦零，你查詢(xún)一下cmd是否可以正常打開(kāi)（win+R）
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不是误续，這個(gè)是blast自帶的，不影響結(jié)果扫茅，不用管
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PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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我也想知道怎么回事
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說(shuō)明
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@霧鎖連江 用真實(shí)的葉綠體基因名字測(cè)試
mVISTA格式文件：由Perl腳本處理GenBank注釋文件而來(lái)
Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1蹋嵌、簡(jiǎn)要說(shuō)明 mVISTA是常用的葉綠體基因組...
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@霧鎖連江 應(yīng)該會(huì)影響，做個(gè)對(duì)照測(cè)試一下就知道了
mVISTA格式文件：由Perl腳本處理GenBank注釋文件而來(lái)
Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1葫隙、簡(jiǎn)要說(shuō)明 mVISTA是常用的葉綠體基因組...
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@云巔之上 unix系統(tǒng)需要source一下bashrc文件栽烂，mac不清楚，試一下看看恋脚。不行就百度一下教程腺办，最終確保成功安裝本地blast就可以了。
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@一個(gè)學(xué)習(xí)的腦袋 所以說(shuō)不需要翻譯
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@一個(gè)學(xué)習(xí)的腦袋 試一下sequin就知道了糟描，簡(jiǎn)單的輸入輸出怀喉，動(dòng)動(dòng)手的事。其實(shí)translation部分上傳NCBI的時(shí)候不需要船响。
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不影響躬拢。可以通過(guò)sequin等工具導(dǎo)入再輸出就有了见间，順便檢查了翻譯的正確性聊闯。
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@植物FM 好的。rps12提取出來(lái)后連接很簡(jiǎn)單缤剧，寫(xiě)個(gè)腳本馅袁，相同物種名的連接在一起域慷，短的在前荒辕，長(zhǎng)的在后，然后再比對(duì)犹褒，當(dāng)然比對(duì)完了再連接也行抵窒。
葉綠體基因組基因、外顯子叠骑、內(nèi)含子李皇、基因間隔區(qū)提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 從注釋好的gb格式（GenBank Flat File）...
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關(guān)于rpl2我需要再測(cè)試一下，之前沒(méi)有這種情況掉房，我檢查一下是否是由傳了不同的腳本的版本導(dǎo)致的茧跋。
葉綠體基因組基因、外顯子卓囚、內(nèi)含子瘾杭、基因間隔區(qū)提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 從注釋好的gb格式（GenBank Flat File）...
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rps12這個(gè)基因比較復(fù)雜哪亿，我當(dāng)前沒(méi)有讓它連接起來(lái)粥烁，想連起來(lái)的話(huà)需要手動(dòng)連接。
葉綠體基因組基因蝇棉、外顯子讨阻、內(nèi)含子、基因間隔區(qū)提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一篡殷、用途 從注釋好的gb格式（GenBank Flat File）...
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另外geneious導(dǎo)出來(lái)的gb文件是不含這一行的钝吮，關(guān)鍵的一行是/gene這個(gè)feature，當(dāng)然基因的坐標(biāo)也是最重要的贴唇。
我的思路就是提取所有物種的基因序列搀绣，合并成一個(gè)fasta文件，然后根據(jù)基因名字拆成需要比對(duì)的矩陣戳气。葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說(shuō)明
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gb文件應(yīng)該是沒(méi)有你說(shuō)的definition這一行的链患，從ncbi上下載的gb文件也沒(méi)見(jiàn)過(guò)這一行。
你可以用我公布的提取CDS的腳本對(duì)每個(gè)物種提取所有基因的序列瓶您，然后將所有物種的fasta格式的序列文件合并成一個(gè)fasta文件（cat一下就可以麻捻，當(dāng)然得刪掉重復(fù)的基因序列），然后用我github下一個(gè)腳本generate_gene_matrix_from_one_fasta_file生成每個(gè)基因的fasta格式的序列文件呀袱，接下來(lái)比對(duì)建樹(shù)就可以了贸毕。葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說(shuō)明
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還要注意的是苔蘚和蕨類(lèi)比被子基因多幾個(gè)，做參考的類(lèi)群不要漏掉了它們
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說(shuō)明
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@植物FM 可以找一個(gè)注釋比較好的苔蘚植物做參考夜赵，也可以同時(shí)拿這兩個(gè)做參考明棍，多試一下吧，注釋一個(gè)才10幾秒鐘寇僧，比較看看哪種策略更合適摊腋。蕨類(lèi)植物有些類(lèi)群可能比較麻煩，那就是RNA編輯嘁傀，估計(jì)只能手動(dòng)檢查了兴蒸。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說(shuō)明
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這些基因需要注意檢查
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說(shuō)明
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@大花貓乖乖貓 謝謝，好用就多多推薦和提建議吧??
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