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在生物學(xué)和植物學(xué)研究中糙捺，地圖作為展示物種分布、分析生態(tài)環(huán)境關(guān)系以及追蹤動(dòng)態(tài)變化的重要工具，具有不可或缺的作用。 通過地圖蝗锥，研究人員能夠直觀地呈現(xiàn)植物物種的地理分布范圍氓拼，深入探...

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這是我看別人數(shù)據(jù)畫的，比一般的火山圖好看晨汹，那我們用上次的數(shù)據(jù)試一下豹储。 1、上代碼淘这，簡單處理一下數(shù)據(jù)即可繪圖 2剥扣、出圖（代碼正常運(yùn)行，數(shù)據(jù)自己調(diào)整啦~） 3铝穷、完畢 生物信息學(xué)領(lǐng)...

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一曙聂、文獻(xiàn) WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis晦炊，加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析）是一種用于挖掘高維基因表達(dá)數(shù)據(jù)的系統(tǒng)生...

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火山圖（Volcano Plot）是一種常用于生物學(xué)、醫(yī)學(xué)和基因組學(xué)等領(lǐng)域的數(shù)據(jù)可視化方法宁脊，特別是在差異表達(dá)分析中断国。它通過橫坐標(biāo)和縱坐標(biāo)來展示每個(gè)基因的變化情況，使我們可以一...

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SNP密度圖是一種常用的遺傳學(xué)數(shù)據(jù)可視化工具榆苞，主要用于直觀展示單核苷酸多態(tài)性（SNP）在基因組上的分布密度稳衬。 通過該圖，研究者可以有效地分析SNP在不同染色體或基因組區(qū)域的分...

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一坐漏、力導(dǎo)向布局（Force-directed Layout）： 力導(dǎo)向布局可以通過模擬物理力（例如斥力和引力）來擺放節(jié)點(diǎn)薄疚，使得相互作用較強(qiáng)的蛋白質(zhì)會(huì)被拉得更近，反之則相隔更遠(yuǎn)...

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蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)可以幫助我們探索基因家族與哪些蛋白相互作用赊琳，挖掘出豐富的信息街夭。不僅限于基因家族，差異表達(dá)基因慨畸、免疫莱坎、脅迫、藥物響應(yīng)相關(guān)基因等寸士，都能通過PPI分析發(fā)現(xiàn)許多有趣的故...

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為了提取所有擬南芥（Arabidopsis thaliana）WRKY基因的ID檐什，我們可以使用Ensembl Plants或TAIR數(shù)據(jù)庫提供的工具，或者直接從相關(guān)的基因組數(shù)...

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富集分析可以繪制很多不同的圖形和兩種結(jié)果表 一弱卡、兩種結(jié)果表 1乃正、GO富集分析結(jié)果以及表頭各列的含義如下： 1）ONTOLOGY：表示GO分類的種類，通常有三個(gè)主要的類別： ①...

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GO和KEGG富集方法以及簡單富集圖的繪制 一婶博、需要準(zhǔn)備文件： 基因列表（可以是差異分析的結(jié)果文件或者取交集的交集基因等瓮具，有標(biāo)志的基因Symbol名稱即可），測試文件為DEG...

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跑一遍 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備和讀取 擬南芥數(shù)據(jù) 二名党、數(shù)據(jù)處理 三叹阔、可視化 1、氣泡圖 2传睹、柱形圖 今天就不介紹圖形了耳幢，就跑個(gè)完整代碼~下次出專門介紹各種圖的。 生物信息學(xué)領(lǐng)域非常廣泛...

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用之前的.rad文件欧啤，來簡單跑一下睛藻，kegg富集通路。 一邢隧、讀取數(shù)據(jù)店印，篩選閾值 二、處理數(shù)據(jù)倒慧，得到結(jié)果 三按摘、可視化 1、繪圖前的處理 2迫靖、氣泡圖可視化 3院峡、柱狀圖可視化 以上...

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.rda 文件是 R Data 文件的縮寫，是 R 語言專用的一種二進(jìn)制文件格式系宜，用來保存 R 環(huán)境中的對象照激。.rda 文件通過 save() 和 load() 函數(shù)來進(jìn)行存...

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學(xué)習(xí)GO富集分析 一、準(zhǔn)備 如果想安裝動(dòng)物的數(shù)據(jù)庫可以用OrgDB數(shù)據(jù)庫盹牧，其中包含了19個(gè)模式物種對應(yīng)的全基因組注釋R包俩垃，方便直接根據(jù)物種基因ID進(jìn)行GO，KEGG注釋分析等...

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一汰寓、基本內(nèi)容回顧： 1口柳、基因本體論（GO）主要用于幫助我們理解高通量組學(xué)實(shí)驗(yàn)結(jié)果，把那些差異表達(dá)的基因整理成一組具有相似功能的基因有滑。然而跃闹，GO本身是分層次的，這就導(dǎo)致我們得到...

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多序列比對（Multiple Sequence Alignment毛好，簡稱 MSA）大家應(yīng)該都不陌生了吧望艺！這是用于比較多個(gè)序列相似性和差異性的常用分析方法。 在 Linux 系...

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一肌访、原理 Gene Ontology（GO）是一個(gè)國際標(biāo)準(zhǔn)化的基因功能分類體系找默，提供了一套動(dòng)態(tài)更新的標(biāo)準(zhǔn)詞匯表，用于全面描述生物體中基因和基因產(chǎn)物的屬性吼驶。 1）GO包含三個(gè)主...

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基因表達(dá)芯片（Microarray）和RNA-seq都是用于分析基因表達(dá)的技術(shù)惩激，但它們的原理店煞、數(shù)據(jù)格式和輸出結(jié)果有所不同。 1. 基因表達(dá)芯片（Microarray）數(shù)據(jù)格式...

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初學(xué)者學(xué)習(xí)PYTHON 1顷蟀、推薦Pycharm Edu 官網(wǎng)下載：Learn Python with PyCharm for Education[https://www.je...