240 發(fā)簡信
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    系統(tǒng) 發(fā)育樹

    定義 系統(tǒng)發(fā)育進化樹 (Phylogenetic tree)： 一般也叫系統(tǒng)進化樹府蔗，進化樹挽牢。它可以利用樹狀分支圖形來表示各物種或基因間的親緣關系。一般研究對象是堿基序列或氨基...

  • 請問Y軸是表型數(shù)據(jù)嗎入客？怎么得到不同個體的某個位點的基因型呢？

    2024-03-29基因型分布畫出箱線圖標注顯著性

    GWAS分析后金拒，顯著性的SNP募书，我們想把不同的分型在群體里面的表型進行可視化，現(xiàn)在最流行的方法是箱線圖+散點圖+顯著性標識洼裤，類似的圖片如下： 上面A邻辉、B、C是三種基因型腮鞍，比如...

  • GATK做變異檢測

    一移国、測序數(shù)據(jù)的準備 新建工作目錄吱瘩，GATK-analysis 新建data文件夾；mkdir data 1.1 公司返回的測序下機數(shù)據(jù) 例如：6個NGS測序樣本迹缀；Raw da...

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    QTL定位方法及花期文章閱讀記錄1

    1摘要部分 起初使碾，大芻草進化而來的玉米是短日照，在短日條件下開花祝懂，長日照條件下花期推遲甚至不開花票摇。通過定位克隆和關聯(lián)定位，將一個花期數(shù)量性狀位點確定位于CCT轉錄因子(ZmC...

  • 請問這個問題你解決了嗎砚蓬？

    在stringtie結果中提取count/fpkm/tpm matrix

    stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件矢门，用...

  • 有參轉錄組的比對

    一祟剔、數(shù)據(jù)準備 1、測序數(shù)據(jù) （1 ）公司獲得（2） NCBI下載/ENA下載 2摩梧、參考序列準備 （1）基因組序列 下載地址：Ensembl物延、EnsemblGenomes、NC...

  • 玉米花粉發(fā)育相關過程

    參考學習自公眾號：細胞全能型與再生 玉米雄穗每個分支上有多個小花，每朵小花又包含一朵較大的上位花和一朵較小的下位花案训。通常上位花比下位花在發(fā)育進程上早一天买置。每朵上/下位花分別含...

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    繪制 SNP 密度圖

    一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖：包鏈接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖，僅僅需要三列即可：a. 第...

  • GWAS全基因組關聯(lián)分析全流程

    拖拖拉拉用了一年時間才把GWAS整個流程捋完，從背景到code拉馋、還有過程中遇到的一些bug以及解決辦法榨为，加起來也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清單煌茴，也許以后有新的方法或者...

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    PGDspider的使用

    1、該軟件的使用需要在java環(huán)境內(nèi)回论，下載java并安裝 https://download.oracle.com/java/18/latest/jdk-18_windows-...

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    泛基因組分析方案

    備注：本文主要來源于知乎《全新的泛基因組解決方案》[https://zhuanlan.zhihu.com/p/335553740]傀蓉。關于大豆泛基因組文章解讀欧漱，請看往期記錄《大...

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