1. 首先查看KEGG數(shù)據(jù)庫 PI3K-AKT signaling pathway gene set 詳細說明查看如何拿到 KEGG數(shù)據(jù)庫的 hsa04650 Natural...
IP屬地：黑龍江
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ReactomeDB 和KEGG兩個數(shù)據(jù)庫的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 區(qū)別 -
通過3個數(shù)據(jù)集取差異基因的交集復現(xiàn)一篇文中的韋恩圖
老大讓復現(xiàn)的是一張韋恩圖慈迈，來自3個數(shù)據(jù)集若贮，分別找每個數(shù)據(jù)集的差異基因省有，然后取UP和DOWN的交集。原文鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
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文獻學習006--[sc]單細胞測序揭示COVID-19嚴重性與呼吸道上皮和免疫細胞的相互作用相關(guān)摘要：新冠患者SARS-CoV-2 entry受體ACE2的表達比正常高了3倍谴麦，并與免疫細胞的干擾素表達相關(guān)蠢沿。和中度患者相比，重癥患者顯示出更強的上皮細胞免疫細胞互作匾效，引起免...
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跟著Cell學單細胞轉(zhuǎn)錄組分析(十):Monocle2擬時分析演示之結(jié)果可視化（下）
上節(jié)完成了擬時分析舷蟀，剩下的內(nèi)容就比較簡單了，只需要可視化面哼。我們可視化一些一般文章中出現(xiàn)的圖野宜。用到的文件是上節(jié)分析得到的cds文件。圖的主題可以結(jié)合ggplot2進行修飾魔策。 先...
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單細胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻復現(xiàn)（五）細胞亞群并可視化單細胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻復現(xiàn)（一）批量讀取數(shù)據(jù)[http://www.reibang.com/p/c9da06d451b9]單細胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻復現(xiàn)（二）批量創(chuàng)建Seu...
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ggplot2繪制帶有顯著性分析的box plot
基本函數(shù)：sample_exp為不同年齡分組的表達矩陣 單細胞數(shù)據(jù)seurat_object：seurat_object_list為按照某個meta.data中的因素如cel...
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函數(shù)：導出富集在通路中的基因
從富集的結(jié)果中導出富集在通路中的基因 從GSEA富集的結(jié)果中導出富集在通路中的基因 從富集的結(jié)果中導出富集在所有GO中的基因 導出某個GO item中的所有差異基因 導出某個...
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單細胞分析揭示了C1q-high單核細胞對貝赫切特病的促炎作用貝赫切特残僮印（Behcet’s disease，BD）闯袒，又名白塞病虎敦，是一種慢性血管炎，通常表現(xiàn)為復發(fā)性口腔/生殖器潰瘍和皮膚病變政敢，以全身免疫異常為特征其徙。然而，目前還缺乏對BD發(fā)...
