謝京合_數(shù)據(jù)分析人

雖說是搞數(shù)據(jù)分析的，但是分析的數(shù)據(jù)五花八門，所以各種知識(shí)點(diǎn)都需要掌握「惆樱現(xiàn)在即將開啟新方向坝咐，那么閱讀相關(guān)文獻(xiàn)不懂的時(shí)候留储，就需要開始查閱并掌握相關(guān)知識(shí)點(diǎn)啦卜录。 HLA是Human ...

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@法瑞斯 我發(fā)你鹅士。

TCGA數(shù)據(jù)庫下載后文件合并與轉(zhuǎn)換

1缘滥、從TCGA上下載癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)到rawdata轰胁，下載一般用TCGA_gdc-client。以原始的Seq-count為例朝扼。 2赃阀、加入cart之后下載manifest.jso...

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謝京合_數(shù)據(jù)分析人

@zzxzzx9841 嗯嗯 直接count

cellranger count使用

1肖抱、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellranger count异旧。氮素意述，如果你是I1/R1/R2的數(shù)據(jù)，那就麻煩還要跑個(gè)cellranger m...

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謝京合_數(shù)據(jù)分析人

@FOREST_9b89 我記得是一天多吮蛹，如果崩了 那就是內(nèi)存不夠了荤崇。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析——DEsingle

上一篇說道SCDE包進(jìn)行單細(xì)胞測序的差異表達(dá)分析。這一篇就來說說DEsingle這個(gè)包潮针。1术荤、安裝先上包的官網(wǎng)鏈接https://github.com/miaozhun/DEs...

謝京合_數(shù)據(jù)分析人

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謝京合_數(shù)據(jù)分析人

搬運(yùn)保存：如何理解數(shù)據(jù)差異的顯著性檢驗(yàn) ？ - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/49467403] 數(shù)據(jù)差異的顯著性檢...

謝京合_數(shù)據(jù)分析人

@FOREST_9b89 哈哈哈哈 sorry, 我也不太記得了每篷，但是如果崩了就不要用這個(gè)方法了瓣戚，直接findmarkers吧。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析——DEsingle

上一篇說道SCDE包進(jìn)行單細(xì)胞測序的差異表達(dá)分析焦读。這一篇就來說說DEsingle這個(gè)包子库。1、安裝先上包的官網(wǎng)鏈接https://github.com/miaozhun/DEs...

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謝京合_數(shù)據(jù)分析人

之前就遇到過這個(gè)問題矗晃，不是很理解仑嗅，終于找到了這個(gè)比較明白的解釋。來源：(1條消息) TMB簡介（腫瘤突變負(fù)荷 tumor mutation burden, 簡稱TMB）_高錦...

謝京合_數(shù)據(jù)分析人

這個(gè)是官網(wǎng)示例數(shù)，把自己的數(shù)據(jù)填進(jìn)去就行仓技。這個(gè)好的一點(diǎn)是可以看出來每一個(gè)spot中包括的細(xì)胞類型鸵贬，我簡直太需要這個(gè)數(shù)據(jù)了。 title: "Spatial Transcrip...

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@生信upupup

windows系統(tǒng)下aspera的下載及志、安裝和數(shù)據(jù)下載

上一篇文章提到Linux系統(tǒng)下如何下載片排。但是鑒于服務(wù)器網(wǎng)絡(luò)連接受到限制的問題，所以還是先windows下載速侈，然后再上傳吧率寡。那么，windows下怎么搞呢?1.下載window...

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謝京合_數(shù)據(jù)分析人

可變剪接——內(nèi)含子的剪輯的篩選將所有依賴軟件先安裝好倚搬，并添加環(huán)境變量 安裝舊版本 舊版本不好用冶共，所以最終還是決定使用新的版本。安裝：很簡單每界，按照protol完成捅僵，然后將路徑添...

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@LULU_75b4 不可以，每個(gè)物種的GO文件是不一樣的眨层。

TBtools進(jìn)行GO富集分析

1庙楚、下載GOA文件，下載網(wǎng)址如下：http://current.geneontology.org/annotations/index.html[http://current....

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@a9812c795ad0 火山圖趴樱？

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析——DEsingle

上一篇說道SCDE包進(jìn)行單細(xì)胞測序的差異表達(dá)分析馒闷。這一篇就來說說DEsingle這個(gè)包。1叁征、安裝先上包的官網(wǎng)鏈接https://github.com/miaozhun/DEs...

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謝京合_數(shù)據(jù)分析人

不要企圖用win 直接Linux就可以搞定了纳账。??

cellphoneDB踩坑經(jīng)歷

媽呀，差不多一周時(shí)間就在安裝這個(gè)包捺疼，簡直了塞祈。驀然回首，真的想抽自己。所以以后升級的時(shí)候能不能說明一下情況议薪？哪些包跟著一起升級了尤蛮，哪些沒有！Ｋ挂椤２獭！ 首先安裝miniconda,...

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謝京合_數(shù)據(jù)分析人

很久沒有用過這個(gè)軟件了哼御。最近有個(gè)老師需要我找一個(gè)序列的信息坯临。所以想起來使用blast。 win下blast恋昼，上學(xué)那陣子不知道跑了多少遍了看靠。以為信手拈來，木想到安裝之后居然翻車...

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@e00179e02776 厲害了液肌。

Seurat使用

這里我就用示例數(shù)據(jù)講解啦挟炬。可以在GSE數(shù)據(jù)庫下載你所關(guān)注的病癥的數(shù)據(jù)集嗦哆。 下載鏈接“https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cg...

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