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發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：福建
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admixture 群體結(jié)構(gòu)分析 -
群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成街夭。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因出牧，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源，...
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什么年代了，還在用傳統(tǒng)的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的輔助組裝，它的最大優(yōu)勢(shì)就是輸出結(jié)果可以對(duì)接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)進(jìn)行手動(dòng)矯正反症。然...
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重測(cè)序分析（15）GWAS分析實(shí)操（1）gwas_emmax介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行GWAS分析，軟件選擇為emmax和tassel畔派。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 vcf文件：all_snp.vc...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋軟件列表
基因組結(jié)構(gòu)注釋主要包括三個(gè)方面：從頭注釋（de novo prediction）铅碍、同源注釋（homology-based prediction）以及基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋（tra...
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用verkko組裝基因組
背景介紹 verkko是一個(gè)最新的可以應(yīng)用于二倍體基因組T2T（telomere-to-telomere）級(jí)別的基因組組裝的組裝軟件。 2022年9月14號(hào)李恒在主題為Pac...
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基因組survey——K-mer頻譜Kmer是從測(cè)序數(shù)據(jù)中滑窗提取出的長(zhǎng)度為k的寡聚核苷酸序列线椰，可以評(píng)估基因組大小胞谈、雜合度、重復(fù)序列比例等憨愉。在測(cè)序reads均勻分布的前提下烦绳，有以下公式：基因組長(zhǎng)度 = 總堿基數(shù)...
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生信分析|MUMmer4+SyRi
前言 Comparing SVs between two genome：use whole-genome alignment 1、MUMmer4 MUMmer is a sy...
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兩條命令就跑完RNA差異分析數(shù)據(jù)分析實(shí)在太難了配紫，差異分析到底怎么跑啊径密，怎么才不出錯(cuò)呀！coldata到底怎么構(gòu)建呀……躺孝！別慌享扔，傻瓜包來(lái)了底桂！它就是simpleRNA，居然只要兩條命令就能跑完復(fù)雜的RNA差...
