介紹：使用PopLDdecay軟件生成群體的LD衰減圖。從大群體中提取subgroup的vcf作為PopLDdecay的輸入身腻。 使用PopLDdecay中程序Plot_Mul...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
-
LDdecay使用介紹 -
組會論文 | Nat Genet：大規(guī)模多性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定數(shù)百個(gè)青光眼風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)《Large-scale multitrait genome-wide association analyses identify hundreds of glaucoma ...
-
VCFtools的使用(參數(shù)說明)
寫在前面：當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時(shí)，更需要對此格式對應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)（如sam/bam——samtools）砖瞧。在多次花時(shí)間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)，80%左右的任務(wù)其實(shí)...
-
GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同嚷狞，更加趨于流程化块促。 軟件安裝 下載GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本鏈接在：https://github.com...
-
ggplot2學(xué)習(xí)筆記系列之利用ggplot2繪制誤差棒及顯著性標(biāo)記YanTao 繪制帶有誤差棒的條形圖 繪制帶有顯著性標(biāo)記的條形圖 繪制兩條形圖中間帶有星號的統(tǒng)計(jì)圖 為圖形添加標(biāo)題 圖形標(biāo)題有圖標(biāo)題荣堰、坐標(biāo)軸標(biāo)題、圖例標(biāo)題等 上次有人問坐標(biāo)軸...
-
不同參考基因組之間坐標(biāo)的轉(zhuǎn)換
litover只能提供一些熱門基因組的轉(zhuǎn)換竭翠，而西農(nóng)開發(fā)的RGD只有一小部分基因組振坚，不過非常棒的是他們提供了maf文件，這是手動創(chuàng)建chain文件中最耗時(shí)間和資源的一步斋扰。本文主...
-
基于Vcf文件進(jìn)行基因單倍型分析單倍型渡八，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學(xué)上是指...
-
專注WGBS Chipseq等數(shù)據(jù)分析<br>perl python R腳本編輯處理數(shù)據(jù)
-
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個(gè)人分析記錄貼）0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫introduction裂允。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來损离，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
-
多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk绝编、vcftools僻澎、bcftools
vcf文件儲存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中十饥，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析窟勃，最終會獲得單個(gè)樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對同組不同樣本進(jìn)行差異...
-
SIFT構(gòu)建本地?cái)?shù)據(jù)庫與注釋0.寫在前面 SIFT本身內(nèi)置了許多常見物種的評分?jǐn)?shù)據(jù)庫逗堵，在嘗試構(gòu)建自己的庫之前秉氧，先在官網(wǎng)找找有沒有自己需要的。但是有些庫上次更新時(shí)間有點(diǎn)嚇人蜒秤。SIFT的下載界面太難找了汁咏，官...
-
AGAT-Another Gtf/Gff Analysis Toolkit
0.寫在前面 研究這個(gè)軟件，主要是想利用它創(chuàng)建只有CDS區(qū)域的注釋文件以解決snpEff注釋軟件的局限性作媚，希望能做到吧攘滩。其具體的，多樣的功能見：https://github....
-
Haploview軟件進(jìn)行連鎖不平衡（LD）分析0.寫在前面 LD分析可以幫助識別基因組中的LD區(qū)塊纸泡，即一段連續(xù)的位點(diǎn)之間存在很強(qiáng)的LD的區(qū)域漂问，這些區(qū)塊可能包含重要的功能元件或者遺傳變異。在linux下有兩種使用模式女揭，區(qū)別...
-
Haploview軟件使用-連鎖不平衡分析
當(dāng)位于某一座位的特定等位基因與另一座位的某一等位基因同時(shí)出現(xiàn)的概率大于群體中因隨機(jī)分布的兩個(gè)等位基因同時(shí)出現(xiàn)的概率時(shí)蚤假，就稱這兩個(gè)座位處于連鎖不平衡的狀態(tài)。目前吧兔，連鎖不平衡分析...
-
使用ADZE計(jì)算allelic richness (Ar) 和 private allele richness (pAr)0.寫在前面 軟件官網(wǎng)：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/adze.html[https://web.stanford....
-
Popgene微衛(wèi)星使用筆記1. 輸入文件準(zhǔn)備 1. 從GeneMaker閱讀匯總微衛(wèi)星的位點(diǎn)信息 2. 轉(zhuǎn)換為ABCD...基因型 按照固定的規(guī)則轉(zhuǎn)換基因型，各個(gè)位點(diǎn)的ABCD...獨(dú)立 3. 加表頭...
-
Fst兩種奇妙的用法
1.global Fst 篩選出來的Fst值較大的區(qū)域民逼，意味著在這些群體間的分布不均勻泵殴，對于研究單個(gè)群體沒什么用這方法只能給出整個(gè)群體中受選擇的位點(diǎn)，但不能提示受選擇的具體品...
-
ROH分析及熱點(diǎn)區(qū)域計(jì)算0寫在前面 腳本方面充斥著CHATGPT拼苍，復(fù)制粘貼笑诅。盡管每個(gè)步驟都實(shí)際運(yùn)行過，但因?yàn)槭且贿厡?shí)驗(yàn)一邊寫疮鲫，難免存在錯(cuò)誤各種排版吆你，細(xì)節(jié)問題懶得細(xì)摳了這篇文章又被鎖定了 1.文件處理...
-
跟著Nature Genetics學(xué)畫圖~ggplot2畫折線圖并在指定區(qū)域添加灰色背景最近在看論文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genet...
