寫在開頭：在表觀遺傳學領域册养，染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白質(zhì)（轉(zhuǎn)錄因子芥挣、組蛋白修飾等）與染色質(zhì)相互作用的傳統(tǒng)方法江解，可以分析特定蛋白在整個基因組上的分布情況萎胰。但是由于Ch...
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Cut&Tag數(shù)據(jù)分析流程（一）
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Cut&Tag數(shù)據(jù)分析流程（二）可視化使用基因組瀏覽器來可視化區(qū)域的染色質(zhì)景觀默辨。Integrative Genomic Viewer查看器提供了易于使用的web應用程序版本和本地桌面版本货岭。UCSC基因組瀏覽...
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bulk轉(zhuǎn)錄組實戰(zhàn)（三）bulk轉(zhuǎn)錄組最主要的作用就是根據(jù)基因表達的變化找到其中蘊含的通路機制常規(guī)的GO和KEGG分析忘古，屬于超幾何富集算法讳癌，使用的基因數(shù)據(jù)源是我們根據(jù)實驗組vs對照組所獲得的差異基因...
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bulk轉(zhuǎn)錄組實戰(zhàn)（二）前面進行了上游分析，接下來將在R中進行下游分析存皂。Bulk RNA-seq最主要的下游分析就是進行差異基因表達分析晌坤，所以這一部分只講解標準的下游分析流程。 首先讀入數(shù)據(jù) 進行差...
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bulk轉(zhuǎn)錄組實戰(zhàn)（一）寫在開頭：在這一個合集中旦袋，我將詳細介紹bulk RNA-seq實際數(shù)據(jù)分析的流程骤菠，有哪些注意的地方以及一些小技巧 首先是獲取測序數(shù)據(jù)：如果是自己的測序數(shù)據(jù)，直接從公司給的賬號...
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一. R語言實戰(zhàn)入門寫在開頭：R提供了各種具有分析數(shù)據(jù)與強大作圖功能的工具包疤孕。對于沒有計算背景出身的生物學家來說商乎，相比于各種復雜的編程語言，如java祭阀、C語言等鹉戚，R語言是非常友好的鲜戒，R語言的語法...
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生信實戰(zhàn)分析中常用的Linux命令（三）這一部分我將講解awk、grep抹凳、sed三個文本操作的強大利器遏餐，三個命令基本都是以正則表達式為基礎。在數(shù)據(jù)分析過程中赢底，我們通常需要提取出符合條件的文本失都、修改文本以進行后續(xù)分析...
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生信實戰(zhàn)分析中常用的Linux命令（一）
寫在開頭：我曾經(jīng)跟過各種視頻教程詳細學習Linux的系統(tǒng)使用，各位老師講解得也非常詳細幸冻，但很多內(nèi)容對于我一個初學者來說非炒馀樱晦澀難懂，并且很多實際的測序數(shù)據(jù)分析過程也用不到洽损。我...