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Cut&Tag數(shù)據(jù)分析流程（二）可視化使用基因組瀏覽器來可視化區(qū)域的染色質(zhì)景觀宅静。Integrative Genomic Viewer查看器提供了易于使用的web應(yīng)用程序版本和本...
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bulk轉(zhuǎn)錄組實戰(zhàn)（三）bulk轉(zhuǎn)錄組最主要的作用就是根據(jù)基因表達的變化找到其中蘊含的通路機制常規(guī)的GO和KEGG分析，屬于超幾何富集算法，使用的基因數(shù)據(jù)源是我們根據(jù)實...
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Cut&Tag數(shù)據(jù)分析流程（一）
寫在開頭：在表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域，染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白質(zhì)（轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾等）與染色質(zhì)相互作用的傳統(tǒng)方法，可以分析特定蛋白在整個基...
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bulk轉(zhuǎn)錄組實戰(zhàn)（二）前面進行了上游分析，接下來將在R中進行下游分析匣掸。Bulk RNA-seq最主要的下游分析就是進行差異基因表達分析，所以這一部分只講解標(biāo)準(zhǔn)的下游分...
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bulk轉(zhuǎn)錄組實戰(zhàn)（一）寫在開頭：在這一個合集中氮双，我將詳細介紹bulk RNA-seq實際數(shù)據(jù)分析的流程碰酝，有哪些注意的地方以及一些小技巧 首先是獲取測序數(shù)據(jù)：如果是自己...
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一. R語言實戰(zhàn)入門寫在開頭：R提供了各種具有分析數(shù)據(jù)與強大作圖功能的工具包。對于沒有計算背景出身的生物學(xué)家來說戴差，相比于各種復(fù)雜的編程語言送爸，如java、C語言等造挽，R...
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生信實戰(zhàn)分析中常用的Linux命令（三）這一部分我將講解awk碱璃、grep、sed三個文本操作的強大利器饭入，三個命令基本都是以正則表達式為基礎(chǔ)嵌器。在數(shù)據(jù)分析過程中，我們通常需要提取出符合條件...
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生信實戰(zhàn)分析中常用的Linux命令（二）
前面已經(jīng)介紹了比較基礎(chǔ)Linux命令谐丢，在這一部分我將介紹適合多樣本數(shù)據(jù)分析的一些常用的復(fù)雜命令爽航。 以bulk轉(zhuǎn)錄組為例 接前面蚓让，我們使用mamb...
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生信實戰(zhàn)分析中常用的Linux命令（一）
寫在開頭：我曾經(jīng)跟過各種視頻教程詳細學(xué)習(xí)Linux的系統(tǒng)使用，各位老師講解得也非常詳細讥珍，但很多內(nèi)容對于我一個初學(xué)者來說非忱晦澀難懂，并且很多實際...