@南柯一夢(mèng)_7b6e 基因列表可以自己制作，包括基因名稱(chēng)以及 log2 轉(zhuǎn)化后的 Fold Change 信息
GSEA富集分析+R分析+多類(lèi)美化工具相關(guān)原理詳細(xì)介紹生信技能樹(shù)詳解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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devtools::install_github("nicolash2/gggsea")
GSEA富集分析+R分析+多類(lèi)美化工具
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ggplot2制截?cái)嘧鴺?biāo)軸
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GSEA富集分析+R分析+多類(lèi)美化工具相關(guān)原理詳細(xì)介紹生信技能樹(shù)詳解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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apply拒炎，lapply裹纳，sapply择葡，vapply，tapply以及mapply的用法
1.apply() apply()以數(shù)據(jù)幀或矩陣作為輸入剃氧，并以向量敏储、列表或數(shù)組的形式給出輸出。 apply(X, MARGIN, FUN)? x ：數(shù)組或矩陣? MARGIN...
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VScode環(huán)境搭建+遠(yuǎn)程連接服務(wù)器+x11VSCode（全稱(chēng)：Visual Studio Code）是一款由微軟開(kāi)發(fā)且跨平臺(tái)的她我， 并使用 Monaco Editor 作為其底層的免費(fèi)源代碼編輯器虹曙。其具有輕量且強(qiáng)大的代...
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想問(wèn)下小潔老師的代碼能提供下嗎
謝謝啦GSE53625的“坑”
研究方向?yàn)槭彻馨┑耐瑢W(xué)老師們一定知道GSE53625這個(gè)數(shù)據(jù)集，來(lái)源于《LncRNA profile study reveals a three-lncRNA sign...
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如果你有counts文件直接進(jìn)行差異表達(dá)分析
RNA-seq用hisat2番舆、stringtie酝碳、DESeq2分析
一、安裝軟件 1恨狈、HISAT2 將reads比對(duì)到基因組上 2疏哗、StringTie 將比對(duì)好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計(jì)表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
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記錄數(shù)據(jù)分析過(guò)程中遇到的那些讓我漲知識(shí)的坑，生信札記
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記錄學(xué)習(xí)生信的點(diǎn)滴
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生信學(xué)習(xí)筆記、腳本編程啤斗、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)表箭、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉，快到我的額碗里來(lái)～ 好好學(xué)習(xí)钮莲，天天學(xué)生信～
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章崔拥。感謝這些簡(jiǎn)友整理的生信分析流程极舔！ 如果簡(jiǎn)友投稿沒(méi)有被我收入專(zhuān)題，可能是我沒(méi)看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專(zhuān)題中了链瓦。望見(jiàn)諒拆魏！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測(cè)序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq稽揭、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測(cè)序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖俺附、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl溪掀、R的包的使用過(guò)程 ?? 具體工具的使用事镣，比如GATK的使用過(guò)程 ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來(lái)的流程 ?? ?? ??
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生物信息學(xué)軟件，perl喊递、python随闪、R、shell腳本交流分享
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生信技能樹(shù)：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客俏讹，需要你的參與当宴。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛(ài)好者以及相關(guān)編程人員加入本專(zhuān)題泽疆，貢獻(xiàn)你的文字户矢，無(wú)論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你殉疼，將本專(zhuān)題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)梯浪、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集瓢娜、整理挂洛，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類(lèi)算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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關(guān)于readsCount抹锄、RPKM/FPKM、RPM(CPM)荠藤、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對(duì)具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)伙单。 優(yōu)點(diǎn)：利于分類(lèi)整理結(jié)果。 兩類(lèi)測(cè)序bias 長(zhǎng)度bi...
