有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況历谍，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集全陨。 一儒陨、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
IP屬地：廣東
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中琳彩，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋誊酌，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽，或者說起個(gè)別名汁针，這些信息都存在@meta.data信息里术辐，所以不用特意去更改細(xì)胞名字，S...
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R語言可視化學(xué)習(xí)筆記之ggrepel包當(dāng)我們?cè)趫D形中添加標(biāo)簽時(shí)施无，標(biāo)簽之間很容易相互重疊，包ggrepel就專門用來解決這個(gè)問題必孤！ 首先我們來看看通過geom_text()添加標(biāo)簽時(shí)的情形： 可以看到可視化效果不是...
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R語言代碼-Nature主刊中相關(guān)系系數(shù)熱圖繪制需求描述 計(jì)算多個(gè)基因和免疫浸潤的相關(guān)性猾骡，畫出類似于文章中這種熱圖，用顏色展示相關(guān)系數(shù)敷搪，用**標(biāo)出顯著的兴想。 出自https://www.nature.com/articles...
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14.GO富集分析R語言代碼及5種圖的繪制一、舉例回顧 本節(jié)使用GSE1009數(shù)據(jù)集赡勘，已經(jīng)用limma包對(duì)數(shù)據(jù)集中的樣本進(jìn)行差異分析嫂便，現(xiàn)對(duì)差異基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009數(shù)據(jù)集介紹： 樣本量：共6...
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寶藏R包tinyarray：常用圖表一鍵收走最近抽空整理了以前寫的函數(shù)闸与，規(guī)范tinyarray包毙替，反復(fù)檢查和優(yōu)化，調(diào)整了好久践樱，終于得到下面的check結(jié)果 今天把他提交到CRAN了(是提交不是接收哈厂画，沒有那么快)整理了...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程和驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)1. 分析流程 Basic algorithmsExpression quantification and quality controlNormalization (CP...
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單細(xì)胞學(xué)習(xí)之細(xì)胞周期分析一、細(xì)胞周期鑒定 https://teachmephysiology.com/biochemistry/cell-growth-death/cell-cycle/[https...
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小鼠全腦單細(xì)胞數(shù)據(jù)細(xì)胞類型鑒定最近在處理小鼠全腦的單細(xì)胞數(shù)據(jù)拷邢，歸納總結(jié)下細(xì)胞類型鑒定的過程吧袱院。我用的算法是Seurat label transfer function[https://satijalab....
