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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況凑懂，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集荒叼。 一乖杠、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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如何給Seurat對象的基因重命名赌朋？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中凰狞，必要的一步是對每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽沛慢，或者說起個(gè)別名赡若，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字团甲，S...
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R語言可視化學(xué)習(xí)筆記之ggrepel包當(dāng)我們在圖形中添加標(biāo)簽時(shí)逾冬，標(biāo)簽之間很容易相互重疊，包ggrepel就專門用來解決這個(gè)問題躺苦！ 首先我們來看看通過geom_text()添加標(biāo)簽時(shí)的情形： 可以看到可視化效果不是...
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本團(tuán)隊(duì)承接統(tǒng)計(jì)分析！
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R語言代碼-Nature主刊中相關(guān)系系數(shù)熱圖繪制需求描述 計(jì)算多個(gè)基因和免疫浸潤的相關(guān)性愈诚，畫出類似于文章中這種熱圖她按，用顏色展示相關(guān)系數(shù)，用**標(biāo)出顯著的炕柔。 出自https://www.nature.com/articles...
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感謝分享酌泰。2.4差異分析的第2行代碼寫錯(cuò)了，應(yīng)該是Treat - CK
差異分析|使用limma包
獲取本章節(jié)數(shù)據(jù)和代碼：關(guān)注微信公眾號：小杜的生信筆記（ID：Du_Bioinformatics）汗唱，回復(fù)關(guān)鍵詞：limma差異分析 ----------------------...
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14.GO富集分析R語言代碼及5種圖的繪制一宫莱、舉例回顧 本節(jié)使用GSE1009數(shù)據(jù)集，已經(jīng)用limma包對數(shù)據(jù)集中的樣本進(jìn)行差異分析哩罪，現(xiàn)對差異基因(DEGs)做GO富集分析授霸。 GSE1009數(shù)據(jù)集介紹： 樣本量：共6...
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寶藏R包tinyarray：常用圖表一鍵收走最近抽空整理了以前寫的函數(shù)，規(guī)范tinyarray包，反復(fù)檢查和優(yōu)化斗搞，調(diào)整了好久指攒，終于得到下面的check結(jié)果 今天把他提交到CRAN了(是提交不是接收哈，沒有那么快)整理了...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程和驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)1. 分析流程 Basic algorithmsExpression quantification and quality controlNormalization (CP...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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單細(xì)胞學(xué)習(xí)之細(xì)胞周期分析一隙弛、細(xì)胞周期鑒定 https://teachmephysiology.com/biochemistry/cell-growth-death/cell-cycle/[https...
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小鼠全腦單細(xì)胞數(shù)據(jù)細(xì)胞類型鑒定最近在處理小鼠全腦的單細(xì)胞數(shù)據(jù)，歸納總結(jié)下細(xì)胞類型鑒定的過程吧狞山。我用的算法是Seurat label transfer function[https://satijalab....
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(14): 細(xì)胞類型注釋的另一種思路 — CellID
之前寫過一篇細(xì)胞類型注釋的推文：單細(xì)胞分析實(shí)錄(7): 差異表達(dá)分析/細(xì)胞類型注釋[http://www.reibang.com/p/1887dbd8d9e4]全闷，里面介紹了...
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小弟讀過兩年書总珠，塵世中一個(gè)迷途小書僮<br><br>歡迎訪問: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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bowtie2使用記錄
解壓縮后文件情況： 合并文件cat *.fa > mm10.fa使用bowtie2 built建立索引：bowtie2-build mm10.fa mm10索引文件格式如下：...
