trim-galore + hisat2 + featureCounts
1. 下載cellranger, 這里下載的是6.0最新版本 2. 下載cellranger專用的參考基因組, 10x官網(wǎng)提供了小鼠和人的參考基因組信息, 包括gtf, fa...
記錄一下在騰訊云上部署項(xiàng)目nginx + uwsgi + python-flask/django 軟件版本 python 3.6 flask lastest django 1...
簡(jiǎn)介 交互式繪圖工具, 提供python, R, js接口, 以R接口為例 api類似, 需要注意在參數(shù)中涉及子項(xiàng)的在R中使用列表, 在python中使用字典 支持管道符操作...
ComplexHeatmap里面pheatmap函數(shù)芙扎,不是pheatmap包里面的
ComplexHeatmap繪制復(fù)雜熱圖pheatmap交互 最近ComplexHeatmap更新可以將pheatmap對(duì)象進(jìn)行參數(shù)轉(zhuǎn)換。新增的ComplexHeatmap::pheatmap()的功能與pheat...
0.質(zhì)控 1.建立亞硫酸鹽基因組index 2. 比對(duì) 輸出結(jié)果有兩個(gè)重要文件浦夷,一個(gè)bismark_bt2_PE_report.txt,一個(gè)bismark_bt2_pe.ba...
在網(wǎng)上隨意瀏覽的時(shí)候卿泽,無(wú)意間發(fā)現(xiàn)另一種可以構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的軟件主之,叫做GENIE3。這是一個(gè)R包扰藕,直接在R里運(yùn)行。這款R包基于你的表達(dá)矩陣來(lái)推測(cè)基因之間的調(diào)控關(guān)系芳撒。 雖然共表達(dá)網(wǎng)...
SCENIC是一種同時(shí)重建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)并從單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)中鑒定stable cell states的工具邓深。基于共表達(dá)和DNA谋噬玻基序 (motif)分析推斷基因調(diào)控網(wǎng)...
A ggplot2 Tutorial for Beautiful Plotting in R 原文見(jiàn)https://cedricscherer.netlify.com/201...
眾所周知PyCharm是一個(gè)強(qiáng)大的編輯器舌菜,但是他的強(qiáng)大成為了他的弱點(diǎn)萌壳,占用運(yùn)行內(nèi)存大,內(nèi)存經(jīng)常爆棚。而且還收費(fèi)袱瓮,PJ不穩(wěn)定缤骨。 不如來(lái)嘗試一下Visual Studio Cod...
您好,非常感謝您的分享尺借,我最近剛接觸chip實(shí)驗(yàn)绊起,我想請(qǐng)問(wèn)一下如果提供control組的話是不是在callpeak的時(shí)候直接call處理組和control組中存在差異的峰了,會(huì)存在上調(diào)或下調(diào)的情況嗎燎斩?后續(xù)還需要進(jìn)行類似diffbind這種差異分析嗎
第3篇:用MACS2軟件call peaks學(xué)習(xí)目標(biāo): 學(xué)會(huì)用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的結(jié)果 Peak Calling Peak calling即利用計(jì)算的方法找出ChIP...
方差分析 以焦慮癥治療為例笋鄙,現(xiàn)有兩種治療方案:認(rèn)知行為療法(CBT)和眼動(dòng)脫敏再加工法(EMDR)。我們招募10位焦慮癥患者作為志愿者怪瓶,隨機(jī)分配一半的人接受為期五周/六個(gè)月的...
一萧落、為什么要使用“協(xié)方差分析”? 在我們的研究過(guò)程中經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)除了關(guān)注的自變量和因變量劳殖,還有一些其他的因素也會(huì)影響因變量铐尚,但我們又不想考慮他們,這個(gè)時(shí)候就需要借助協(xié)方差分析了...
教程很多哆姻,隨便列兩個(gè)宣增,強(qiáng)烈推薦學(xué)起來(lái),沒(méi)有python基礎(chǔ)也可以搞定 參考1參考2Snakemake搭建生信分析流程-簡(jiǎn)介snakemake使用筆記[轉(zhuǎn)]snakemake-...
一般我們做GSEA都是先進(jìn)行差異基因分析矛缨,然后取差異倍數(shù)排序結(jié)果進(jìn)行GSEA爹脾。但如果你沒(méi)有條件進(jìn)行差異基因分析也可以進(jìn)行GSEA,這就是ssGSEA(single sampl...
matplotlib教程學(xué)習(xí)筆記 這部分給出一些簡(jiǎn)單的示例箕昭。 Line Plot matplotlib.axes.Axes.plotmatplotlib.pyplot.plo...
SCI常用的箱圖繪制 最近水群灵妨,有同學(xué)看文獻(xiàn)中,遇見(jiàn)了一些常用的箱圖落竹,并對(duì)箱圖上添加T檢驗(yàn)標(biāo)簽很感興趣泌霍。 簡(jiǎn)介 可以仔細(xì)看一下這圖,很多學(xué)生信的作者喜歡用這種箱圖加點(diǎn)圖的方式...