IGV軟件有自帶的基因組文件和注釋文件损趋，使用自帶的還是方便一些经瓷。但是靡努，其使用的注釋文件和基因組文件可能與我們數(shù)據(jù)分析時(shí)的不一致突琳，這時(shí)候我們可視化bigwig文件或者bam文件...
IP屬地：香港
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IGV 導(dǎo)入本地基因組及注釋文件 -
我要偷偷內(nèi)卷火焰，然后驚艷所有人劲装！
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名詞解釋：測(cè)序深度&RPKM、FKPM昌简、TPM
測(cè)序深度(Sequencing Depth) 相當(dāng)于測(cè)了幾遍占业； 指測(cè)序得到的總堿基數(shù)（bp）與所測(cè)物種基因組大小的比值，其是評(píng)價(jià)測(cè)序量的重要指標(biāo)之一纯赎； 如：測(cè)序產(chǎn)生了1000...
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你應(yīng)該這樣輸入上下標(biāo)(origin)
Origin中經(jīng)常會(huì)需要輸入上下標(biāo)谦疾，比如坐標(biāo)軸單位、注釋文本框犬金。相信很多童鞋都會(huì)直接在圖形中輸入念恍，這樣的后果就是再次作圖六剥，又要來(lái)一遍，效率非常低峰伙。因此疗疟，推薦大家統(tǒng)一在工作簿中...
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如何在群輝NAS上搭建網(wǎng)站NAS用了三四年了，只當(dāng)做一個(gè)普通的文件存儲(chǔ)工具瞳氓，今天閑來(lái)無(wú)事策彤，準(zhǔn)備搭建一個(gè)網(wǎng)站試試。 開始前的準(zhǔn)備 從DSM套件中心下載并安裝以下套件： Web Station PHP 確...
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DNA拷貝數(shù)計(jì)算和文庫(kù)濃度換算人基因組長(zhǎng)度約為30億堿基對(duì)匣摘，即：3*109 bp店诗； DNA每bp平均分子量為：660 g/mol； 長(zhǎng)度為L(zhǎng) bp的DNA分子的分子量M為：L*660 g/mol音榜； -1....
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R 軟件包VennDetail 方便提取venndiagram信息VennDetail軟件包收錄在Bioconductor平臺(tái) 可以通過(guò) install.packages("BiocManager") BiocManager::instal...
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關(guān)于unique mapped reads如下圖庞瘸，是tophat2比對(duì)完之后的結(jié)果 1、bowtie2XS:i: Alignment score for the best-scoring alignment fou...
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第一代測(cè)序—Sanger法測(cè)序又稱雙脫氧法測(cè)序陳巍學(xué)基因-第一代DNA測(cè)序 ABI公司BigDye測(cè)序方法的基本原理 ABI公司根據(jù)雙脫氧法進(jìn)一步開發(fā)出赠叼，熒光標(biāo)記的雙脫氧法測(cè)序試劑盒即BigDyeTM試劑再結(jié)合毛細(xì)管電泳...
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R語(yǔ)言-解決problem copying rlang.dll: Permission denied的問(wèn)題錯(cuò)誤場(chǎng)景 在下載某些包 的時(shí)候恕洲，遇到了Permission denied的問(wèn)題錯(cuò)誤如下：In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TR...
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統(tǒng)計(jì) | 結(jié)合clusterProfiler理解GO富集分析OrgDb庫(kù) enrichGO默認(rèn)gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的類型（ENSEMBLE梅割，SYMBOL等）都可以通過(guò)參數(shù)keyType指定。 ge...
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「Bioconductor」不要輕易相信AnnotationHub的物種注釋包
Bioconductor開發(fā)的物種注釋包系列集合了一個(gè)物種不同來(lái)源的注釋信息葛家，能夠根據(jù)基因ID對(duì)其進(jìn)行多種來(lái)源的注釋户辞，比如說(shuō)基因的別名，基因的功能等癞谒。 我之前也寫過(guò)一篇文章用...
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水稻GO和KEGG分析首先底燎，一般我們分析水稻的數(shù)據(jù)時(shí)候，選用的是MSU和RAPDB這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的genome和gtf文件弹砚，這里只介紹MSU的ID双仍，RAPDB的同理。 水稻GO分析的網(wǎng)站很多（這里不...
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基于R語(yǔ)言繪制坐標(biāo)軸截?cái)鄨D畫圖時(shí)經(jīng)常遇到不同組的數(shù)據(jù)大小相差很大桌吃，大數(shù)據(jù)就會(huì)掩蓋小數(shù)據(jù)的變化規(guī)律朱沃，這時(shí)候可以對(duì)Y軸進(jìn)行截?cái)啵瑥亩梢栽诓煌瑢用妫ù髷?shù)據(jù)和小數(shù)據(jù)層面）全面反映數(shù)據(jù)變化情況茅诱，如下圖所示逗物。 ...
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6、無(wú)重復(fù)差異基因分析（edgeR包的使用）1）簡(jiǎn)介 edgeR作用對(duì)象是count文件瑟俭，rows 代表基因翎卓，行代表文庫(kù)，count代表的是比對(duì)到每個(gè)基因的reads數(shù)目摆寄。它主要關(guān)注的是差異表達(dá)分析失暴，而不是定量基因表達(dá)...
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edgeR差異基因分析的一般過(guò)程基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的定量表達(dá)值坯门，識(shí)別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子，實(shí)際上方法還是非常多的逗扒。但就目前來(lái)看古戴，DESeq2和edgeR是出現(xiàn)頻率最高的兩種方法了。 DE...
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提取基因長(zhǎng)度genelength
# 下載gtf：選擇的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下載地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-94/gtf/homo_s...
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公眾號(hào)：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組蛮拔、腫瘤免疫述暂、單細(xì)胞組學(xué)
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第2周：RNA-seq數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)踐原文來(lái)源：Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq da...
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RNA-seq流程各階段軟件的最優(yōu)選擇RNA-seq如今已經(jīng)成了最受寵愛的生信分析了，而如今琳瑯滿目的各種生信軟件擺在具有新時(shí)代選擇困難癥的同學(xué)們眼前我們又犯難了建炫。我們?cè)撨x擇哪套流程哪種工具進(jìn)行分析呢畦韭？我選的這種...
