@Toomshots 用fastqc檢測出來的
遇到了一次colorspace的測序數(shù)據(jù)目前已經(jīng)是我接觸生物信息學的第四年了工坊，這里的內(nèi)容由于學業(yè)壓力也很久沒有更新俘闯，現(xiàn)在可以趁著寒假的空閑時間寫一寫最近遇到的東西氯窍。我通常處理的都是RNA-seq數(shù)據(jù)甫贯，也全是來自il...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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軟件17 —— DiffBind
一堪遂、 基本介紹 DiffBind是鑒定兩個樣本間差異結(jié)合位點的一個R包贴彼。主要用于peak數(shù)據(jù)集搔课，包括對peaks的重疊和合并的處理，計算peaks重復間隔的測序reads數(shù)...
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軟件16 —— ChIPseeker
一遂铡、 基本介紹 ChIPseeker可以用來對ChIP-seq數(shù)據(jù)進行注釋與可視化肮疗。 二、 使用方法 (1) 安裝并載入R包 (2) bed文件處理 (3) 峰在整個染色...
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軟件15 —— exomePeak2
一忧便、 基本介紹 exomePeak2使用bam文件進行peak calling以及peak統(tǒng)計族吻，它整合了meRIP-seq數(shù)據(jù)分析的常規(guī)分析內(nèi)容： 使用scanMeripB...
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軟件14 —— IGV一帽借、 基本介紹 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因組瀏覽器珠增。支持BAM、SAM砍艾、GOBY蒂教、VCF、PSL脆荷、BED凝垛、TD...
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軟件13 —— rMATS一、 基本介紹 rMATS是一款對RNA-Seq數(shù)據(jù)進行差異可變剪切分析的軟件蜓谋。其通過rMATS統(tǒng)計模型對不同樣本（有生物學重復的）進行可變剪切事件的表達定量梦皮，然后以lik...
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@jijitoutou ??
生信課程筆記7-基因區(qū)間和注釋資源
Summary 1.Bioconductor注釋資源 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 人類的全基因組序列TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38...
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沒遇到過這樣的問題呢
生信課程筆記7-基因區(qū)間和注釋資源
Summary 1.Bioconductor注釋資源 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 人類的全基因組序列TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38...
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軟件12 —— bcftools一、 基本介紹 VCF格式（Variant Call Format）是存儲變異位點的標準格式桃焕，用于記錄variants（SNP / InDel）剑肯。BCF是VCF的二進制文件...
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軟件11 —— deeptools一、 基本介紹 deeptools是基于Python開發(fā)的一套工具观堂，用于處理諸如RNA-seq让网、ChIP-seq、MNase-seq师痕、ATAC-seq等高通量數(shù)據(jù)溃睹。工具分為...
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軟件10 —— HOMER和bedtools一、 基本介紹 HOMER（Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment）胰坟，用于Motif的發(fā)現(xiàn)與查找因篇。homer軟件找m...
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軟件9 —— MACS2
一、 基本介紹 ※ 峰識別（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（適用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（針對于ATAC-seq...
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軟件8 —— salmon一惜犀、 基本介紹 Salmon是一款新的铛碑、極快的轉(zhuǎn)錄組計數(shù)軟件。它與Kallisto和Sailfish類似虽界，可以不通過mapping而獲得基因的counts值汽烦。Salmon的...
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軟件7 —— bowtie和bowtie2
一、 基本介紹 (1) DNA-seq和RNA-seq 基因組測序（DNA-seq）和轉(zhuǎn)錄組測序（mRNA-seq）的區(qū)別在于莉御，真核生物的RNA經(jīng)過剪接后撇吞，序列與DNA序列...
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軟件6 —— sambamba和picard
一、 基本介紹 (1) 關于PCR重復的問題 RNA-seq一般不去重復（起始量高礁叔，擴增數(shù)少牍颈；某些RNA表達量很高，導致該基因的reads的比對很可能出現(xiàn)一致的情況） Ch...
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軟件5 —— StringTie一琅关、 基本介紹 StringTie是一個轉(zhuǎn)錄組組裝定量軟件煮岁。StringTie利用了最優(yōu)化算法中研究比較多的網(wǎng)絡流算法，并且兼顧從頭組裝方法涣易，來將這些復雜的數(shù)據(jù)組裝成為轉(zhuǎn)錄...
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軟件4 —— hisat2和samtools一画机、 基本介紹 HISAT2 是一款利用改進的BWT算法進行序列比對的軟件。由約翰霍普金斯大學計算生物學中心（CCB at JHU）開發(fā)新症，是TopHat的升級版本步氏，速度提高...
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軟件3 —— Trim Galore和Trimmomatic
一、 基本介紹 Trim Galore是對FastQC和Cutadapt的包裝徒爹。適用于所有高通量測序荚醒，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
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軟件2 —— fastqc和multiqc一、 基本介紹 FastQC是一款基于Java的軟件隆嗅，可以快速多線程地對測序數(shù)據(jù)（基因組測序界阁、ChIP-Seq、RNA-Seq胖喳、BS-Seq等）進行質(zhì)量評估（Quality...
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軟件1 —— conda
一泡躯、 基本介紹 Conda是一個開源的包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，可在Windows禀晓、macOS和Linux上運行精续。 Conda可快速安裝、運行和更新包及其依賴項粹懒，可以輕松地...