1：在線(xiàn)構(gòu)建RAxML樹(shù) 1. CIPRES網(wǎng)站： CIPRES Science Gateway V3.3[http://www.phylo.org/index.php/po...
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在線(xiàn)和本地兩種方法構(gòu)建 RAxML 進(jìn)化樹(shù)方法和解讀 -
【ProteoWizard MSConvert】質(zhì)譜文件格式簡(jiǎn)介及其轉(zhuǎn)換質(zhì)譜格式 質(zhì)譜文件格式多種多樣，各儀器廠(chǎng)商產(chǎn)出的數(shù)據(jù)都有不同腿宰。雖然HUPO已經(jīng)對(duì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)化媳板，但大家依然是我行我素割捅，因?yàn)椴坏貌挥盟鼈兲峁┑能浖岣伲煌能浖?huì)要求不同...
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使用EGGNOG-Mapper對(duì)非模式物種快速進(jìn)行GO或KEGG注釋對(duì)于非模式物種组哩，需要做GO或KEGG富集咖楣，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來(lái)對(duì)你的物種序列進(jìn)行快速注釋督笆。在注釋結(jié)果文件中，可以同時(shí)獲得序列映射上的GO號(hào)或KO號(hào)诱贿，直接提...
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那是linux里面的循環(huán)語(yǔ)句娃肿，你可以看下循環(huán)
如何用fasq-dump解壓SRA文件
之前介紹了如何安裝sratoolkit, 可以看我之前寫(xiě)的簡(jiǎn)書(shū)http://www.reibang.com/p/188df05615c7[https://www.jians...
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miniconda的常用命令匯總
寫(xiě)這個(gè)的目的主要是年紀(jì)大了，老是記不住命令行珠十，索性整理下來(lái)料扰，忘了就不用滿(mǎn)世界找了。 和channels有關(guān)的命令 查看已經(jīng)添加的channels 增加channels 有時(shí)候...
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Linux下miniconda的安裝使用
Anaconda與Miniconda的區(qū)別 Anaconda是一個(gè)打包的集合器皿焙蹭，里面預(yù)裝好了conda晒杈、某個(gè)版本的python、眾多packages壳嚎、科學(xué)計(jì)算工具等等桐智，所以...
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如何區(qū)分基因的顯性效應(yīng)(Dominance effect)和上位性效應(yīng)(Epistatic effect)基因的上位性效應(yīng)和顯性效應(yīng)聽(tīng)名字就覺(jué)得挺繞的末早，聽(tīng)起來(lái)就是一個(gè)基因?qū)α硪粋€(gè)基因的壓制效果，網(wǎng)上的介紹看起來(lái)云里霧里说庭，還搬來(lái)染色體然磷，標(biāo)記的性狀，感覺(jué)更加復(fù)雜了刊驴。 基因的顯性效應(yīng) ...
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建立者效應(yīng)(founder effect)和瓶頸效應(yīng)(bottleneck effect)我對(duì)種群遺傳學(xué)這塊一直不太熟悉姿搜，奈何實(shí)驗(yàn)室中經(jīng)常有需要涉及到種群進(jìn)化這塊的內(nèi)容，所以以下的這塊介紹捆憎，大抵將給我自己聽(tīng)的舅柜。 建立者效應(yīng) 建立者效應(yīng)是指少數(shù)個(gè)體的基因頻率決定了他...
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基因的可變剪切(alternative splicing)和蛋白異構(gòu)體(Protein isoform)寫(xiě)這個(gè)文章的原因是因?yàn)槲以谟肨rinity組裝轉(zhuǎn)錄組的時(shí)候，除去軟件的原因躲惰，在生物體內(nèi)有很多的可變剪切現(xiàn)象致份，定義就是一個(gè)mRNA前提可以通過(guò)不同的內(nèi)含子出去方式獲得成熟的mR...
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如何用fasq-dump解壓SRA文件
之前介紹了如何安裝sratoolkit, 可以看我之前寫(xiě)的簡(jiǎn)書(shū)http://www.reibang.com/p/188df05615c7[https://www.jians...
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fastq格式，如何快速計(jì)算fasta, fastq的reads數(shù)础拨？
FASTQ fastq格式是一種基于文本的存儲(chǔ)生物序列和對(duì)應(yīng)堿基或者氨基酸質(zhì)量的文件格式氮块，最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute[h...
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線(xiàn)粒體組裝軟件(2) NOVOPlasty
NOVOPlasty是一個(gè)小型環(huán)狀基因組的軟件，這意味著這個(gè)軟件可以組裝線(xiàn)粒體基因組和葉綠體基因組诡宗。這個(gè)軟件是一個(gè)perl的腳本滔蝉，直接就可以運(yùn)行，軟件需要一個(gè)seed序列塔沃，我...
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如何區(qū)分直系同源(Orthologs)和旁系同源(Paralogs)蝠引？做進(jìn)化的總是免不了區(qū)分直系同源和旁系同源，還有一個(gè)同源基因蛀柴，我剛接觸進(jìn)化的時(shí)候經(jīng)常搞不懂這三貨螃概，好在我老板不嫌我笨，兩遍三遍超有耐心的教名扛，有老板筆記為證 先看定義吧谅年，直系同源...
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如何用prefetch下載轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)？SRAtoolkit套件中提供了prefetch命令用于下載SRA文件肮韧，下面就介紹下怎么樣下載和使用： 選擇合適的壓縮包 我們先進(jìn)入ncbi的官網(wǎng) https://www.n...
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線(xiàn)粒體DNA結(jié)構(gòu)和組成線(xiàn)粒體DNA的結(jié)構(gòu) 線(xiàn)粒體的DNA（mitogenome）是獨(dú)立于細(xì)胞核染色體之外的基因組融蹂，它具有獨(dú)立的自我復(fù)制，轉(zhuǎn)錄和編碼的功能弄企。一般中的線(xiàn)粒體基因組較小超燃，為10-39kb...
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線(xiàn)粒體組裝軟件（1）Mitofinder
軟件介紹 聽(tīng)名字就可以猜出來(lái)Mitofinder是一個(gè)專(zhuān)門(mén)用于組裝線(xiàn)粒體基因組的軟件，該軟件運(yùn)行于liunx平臺(tái)拘领，不僅可以用于組裝線(xiàn)粒體的基因組還可以用于注釋線(xiàn)粒體基因組意乓，不...
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測(cè)序深度和測(cè)序覆蓋度，怎么估算约素？在我們開(kāi)始測(cè)序之前届良，經(jīng)常會(huì)被問(wèn)道笆凌，你需要的測(cè)序深度和測(cè)序覆蓋度的概念，比如在測(cè)序線(xiàn)粒體的DNA時(shí)候士葫，測(cè)序小哥就問(wèn)說(shuō)1個(gè)G的數(shù)據(jù)量夠了嗎乞而？下面就給大家解釋下這兩個(gè)概念： 測(cè)...
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您好荚藻，我在Sleuth_fit時(shí)候屋灌，出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)信息，請(qǐng)問(wèn)是什么意思怎么解決呢：4 NA values were found during variance shrinkage estimation due to mean observation values outside of the range used for the LOESS fit.
The LOESS fit will be repeated using exact computation of the fitted surface to extrapolate the missing values.
These are the target ids with NA values: PPYR_00001-PA, PPYR_03317-PA, PPYR_05506-PA, PPYR_11147-PA
謝謝应狱。RNA-seq無(wú)比對(duì)直接定量(Kallisto - sleuth流程)
RNA-seq數(shù)據(jù)下載 數(shù)據(jù)來(lái)自文獻(xiàn)：An RNA-Seq transcriptome and splicing database of neurons, glia, and...
