本文首發(fā)于微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 最近實驗室開始用python的越來越多了，看著大家都在進步，哈哈，也是一件蠻有成就感的事情。 但是最近師妹還是有新的需求坛芽，想把fastq里...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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如何用python把fastq里所有序列的前幾個堿基提取出來
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用maftools一行代碼畫出瀑布圖本文首發(fā)于微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 昨天本科的一個師姐問我關(guān)于瀑布圖的畫法，想要畫個瀑布圖翼抠，問我有沒有有什么工具可以畫的咙轩，目標圖如下： 于是給師姐介紹了maftools這個R...
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如何做seqlogo圖微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 最近我們需要做個seqlogo圖，之前給大家介紹過一個在線版的做seqlogo的工具阴颖，但不太滿足我們的要求活喊，于是我們又找了幾個工具，最后發(fā)現(xiàn)ggse...
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對bam文件做downsample
微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 如果各個樣本測的數(shù)據(jù)量相差較大量愧，想把這些樣本downsample到相同的reads钾菊，可用以下方法：目標reads數(shù)為15000000，需要先計算出需...
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熱圖heatmap的多種做圖方法及代碼匯總
在我們看paper的時候偎肃，heatmap毫無疑問是我們經(jīng)常能看到的圖之一煞烫，那如何做出heatmap呢？小編今天給大家介紹幾種heatmap的方法累颂。 R自帶函數(shù)heatmap ...
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R安裝舊版本的包
今天發(fā)現(xiàn)含有argparser這個R包的代碼用不了了滞详，經(jīng)過多方排查，發(fā)現(xiàn)之前的argparser這個包是0.4版本的紊馏，而現(xiàn)在被更新到了0.6版本茵宪。如何查看R包的版本： 我們知...
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linux,R,python傻傻分不清
有時候我不一定能及時回復(fù)，但沒回復(fù)的消息我一般會置頂聊天記錄瘦棋，閑下來會一一回復(fù)稀火。最近有多個朋友問我這個問題： 其實有個問題我一直不太明白，linux是一個系統(tǒng)赌朋，python是...
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R知道了函數(shù)如何查看其來自哪個包
help(函數(shù)名)或者凰狞？函數(shù)名比如我想知道unite這個函數(shù)來自于哪個包，則直接?unite在unite這個函數(shù)介紹的頁面中會看到unite {tidyr}那么unite就是...
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vi多行注釋或刪除多行注釋
微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 添加多行注釋的方法： 1.進入vi/vim編輯器沛慢，按CTRL+V進入可視化模式（VISUAL BLOCK） 移動光標上移或者下移赡若，選中多行的開頭3....
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用R畫boxplot+dotplot+violinplot+jitter及代碼
微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 我們在想要展示我們的科研成果的時候經(jīng)常會需要用到一些圖，其中boxplot,dotplot,violinplot和jitter等是我們經(jīng)常要用到的圖...
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R畫dumbbell chart及代碼我們在想要展示我們的科研成果的時候經(jīng)常會需要用到一些圖团甲，其中dumbbell chart也是我們常用圖之一逾冬，dumbbell看起來復(fù)雜，但是也是可以用R畫的，代碼如下： 看起...
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R畫slope chart及代碼我們在想要展示我們的科研結(jié)果的時候經(jīng)常會需要用到一些圖身腻，其中slope chart也是我們常用圖之一产还，slope看起來復(fù)雜，但是也是可以用R畫的嘀趟，代碼如下： 恭喜你脐区，又學(xué)到了...
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R畫scatterplot及代碼微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 在數(shù)據(jù)分析中經(jīng)常會需要畫各種圖，其中比較常見的圖之一就是scatterplot她按，那用R如何畫好看的scatterplot呢牛隅？可以用geom_poin...
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用高版本R的人注意了
微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 當我們安裝R包的過程中，使用到了如下命令： 但是卻出現(xiàn)了如下錯誤： Error: With R version 3.5 or greater, in...
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用高版本的R的人注意了
當我們安裝R包的時候出現(xiàn)了以下錯誤 Error: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages u...
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國慶節(jié)快樂酌泰，一行R命令繪制一幅中國地圖來慶祝祖國生日吧還記得初中學(xué)的地理嗎媒佣？有沒有嘗試著自己畫幅中國地圖呢？ 繪制出的祖國地圖如圖所示： 當然地圖的繪制是需要兩個R包的陵刹。 那如果想要修改顏色等默伍，可以通過參數(shù)來調(diào)整 是不是很簡單呢！
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用R畫火山圖的幾種方法
微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí) 火山圖（volcano plot）常用于顯著差異基因表達的展示授霸，包含顯著和差異兩個重要信息。 那么如何看懂一張火山圖所包含的信息呢际插？首先需要知道碘耳，火...