寫(xiě)在前面 以前總看到問(wèn)題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問(wèn)題岸啡；現(xiàn)在則變成了啟動(dòng)子元件的預(yù)測(cè)或者說(shuō)可視化原叮。這本身比較簡(jiǎn)單，也比較玄乎巡蘸，所以我一直不是太樂(lè)意與別人討論奋隶。但學(xué)院今天斷網(wǎng)悦荒，手上的...
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植物啟動(dòng)子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測(cè)-可視化分析 -
pheatmap熱圖技巧合集突然間發(fā)現(xiàn)唯欣，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個(gè)選項(xiàng)了搬味。是時(shí)候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個(gè)值得注意的參數(shù)境氢，它旨在說(shuō)明你想...
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周運(yùn)來(lái)问芬，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥寿桨，穩(wěn)健此衅，瀟灑，大方牛隅，靠譜炕柔。一段生信緣，一棵技能樹(shù)匕累。生信技能樹(shù)核心成員，單細(xì)胞天地供稿人默伍，簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作者欢嘿，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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RPKM也糊，F(xiàn)PKM和TPM明確解釋
RPKM，F(xiàn)PKM和TPM明確解釋| RNA-Seq博客 來(lái)自StatQuest 過(guò)去狸剃，當(dāng)您進(jìn)行RNA測(cè)序時(shí)掐隐，您以RPKM（Reads Per Kilobase Millio...
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生信技能樹(shù)，生信菜鳥(niǎo)團(tuán)僧凰，jimmy
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BUSCO - 組裝質(zhì)量評(píng)估BUSCO - 組裝質(zhì)量評(píng)估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 額绩鸣。直譯的話就是普遍通用的單拷貝直...
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使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件，接觸這個(gè)軟件也是由于目前市場(chǎng)的軟件各有功能但是功能都不是很全呀闻，譬如最近接觸到一個(gè)RNAseq數(shù)據(jù)化借，質(zhì)量較差，需要去除接頭而且含N較多总珠，序列...
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KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過(guò)eggnog-mapper和interproscan兩個(gè)軟件(或數(shù)據(jù)庫(kù))勘纯，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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下載安裝interproscan
注：本文系本人翻譯官方文檔HowToDownload 獲取InterProScan 5的副本 首先檢查您的系統(tǒng)是否滿足安裝要求。要安裝InterProScan 5軟件钓瞭，你需要...
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interproscan的安裝要求
注:本文系本人翻譯于github上interproscan的安裝要求 安裝要求 InterProScan是為在Linux上運(yùn)行而開(kāi)發(fā)的。目前還沒(méi)有針對(duì)Windows或蘋(píng)果(M...
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interproscan 主頁(yè)
注：本文系本人翻譯于github上interproscan的文檔山涡。 介紹 什么是InterProScan堤结？ InterPro是一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，它集成了來(lái)自許多合作伙伴關(guān)于蛋白質(zhì)功...
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可以使用AWK命令提取處理
簡(jiǎn)單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM竞穷？
劉小澤寫(xiě)于19.2.21或許這還是個(gè)比較常用的需求 我們做轉(zhuǎn)錄組分析，得到的結(jié)果可能是FPKM鳞溉。但是FPKM確實(shí)存在不準(zhǔn)確性瘾带，推薦使用TPM。 read count和FPKM...
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請(qǐng)問(wèn)GENE-GO注釋的數(shù)據(jù)框如何整理熟菲，我做的是橡膠樹(shù)的轉(zhuǎn)錄組使用Y叔的也是遇到了一些問(wèn)題看政，所有想自己弄個(gè)物種抄罕，供以后使用允蚣。
「Bioconductor」讓我們愉快的為自己做一個(gè)物種包吧
做植物是一件比較艱苦的事情，不但資源少呆贿，而且有限的資源未必還能用的好嚷兔，就拿Bioconductor上的注釋包來(lái)說(shuō)吧，我在「Bioconductor」不要輕易相信Annotat...
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測(cè)序了做入，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫(xiě)于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析冒晰，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類母蛛，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫(kù)基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系翩剪，以及基因與G...
個(gè)人介紹
剛?cè)腴T(mén)生物信息的研究僧，目前就讀于海南大學(xué)蚪缀，在中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院橡膠所進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，本簡(jiǎn)書(shū)賬號(hào)發(fā)布一些生信學(xué)生過(guò)程中的筆記與廣大生信人一起交流學(xué)習(xí)询枚。有問(wèn)題或者是交流請(qǐng)聯(lián)系郵箱:linxianzu1995@163.com