1. 從多因子設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)說(shuō)起 包含假設(shè)檢驗(yàn)的設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)（structured experiment）對(duì)生態(tài)學(xué)至關(guān)重要，這種實(shí)驗(yàn)通常包含復(fù)雜的南蹂、多因子設(shè)計(jì)佃乘。而方差分析等統(tǒng)計(jì)方法提供...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：四川
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數(shù)量生態(tài)_db-RDA之前世今生 -
微生物網(wǎng)絡(luò)(1)_FastSpar網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建高通量測(cè)序獲得的微生物群落數(shù)據(jù)通常具有2個(gè)重要特征：稀疏化（sparse）和成分性（compositional nature）囱井。前者即矩陣中存在很多0值，后者即數(shù)據(jù)對(duì)樣本to...
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目前最全的叢枝菌根真菌基因組（8個(gè)菌種）
叢枝菌根真菌（arbuscular mycorrhizal fungi趣避，AMF）在系統(tǒng)發(fā)育上屬于球囊霉亞門（Glomeromycotina）庞呕，能與陸地上超過(guò)80%的植物物種（...
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微生物beta deviation計(jì)算_零假設(shè)模型1. 起源——checkerboard distribution 在一項(xiàng)關(guān)于新幾內(nèi)亞島（New Guinea）及其周邊島嶼的鳥類群落的研究中，Diamond聲稱找到了鳥類物種...
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科普 | “瓶頸效應(yīng)”的發(fā)散思考
科普每個(gè)月也要交付一篇程帕。腦子也不挺的在轉(zhuǎn)住练，到底寫點(diǎn)啥好呢？動(dòng)物愁拭？植物讲逛？微生物？還是轉(zhuǎn)基因岭埠？感覺這些都沒(méi)什么好寫的妆绞，或者就算是硬憋出來(lái)了，文章的質(zhì)量也難以保證枫攀。寧肯不投稿，也不...
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R語(yǔ)言_導(dǎo)出pdf不包含頁(yè)面1. 報(bào)錯(cuò)：導(dǎo)出pdf不包含頁(yè)面 R自帶plot()函數(shù)的作圖思路與ggplot2一樣株茶，都是疊加圖層来涨，最終成圖。但是启盛，在最后導(dǎo)出環(huán)節(jié)不一樣蹦掐。ggplot2采用ggsave()...
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R語(yǔ)言_效應(yīng)量effect size本文主要介紹通過(guò)effect size來(lái)展示實(shí)驗(yàn)處理或控制因子對(duì)一些實(shí)驗(yàn)指標(biāo)的影響技羔。這種effect size，不管是實(shí)際差值（raw mean difference）或者其...
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R語(yǔ)言_數(shù)據(jù)預(yù)處理_list轉(zhuǎn)data.frame
問(wèn)題：如何將for循環(huán)的結(jié)果轉(zhuǎn)成數(shù)據(jù)框 熟悉for循環(huán)的朋友都知道卧抗，一般我們會(huì)將分析結(jié)果存到向量藤滥、數(shù)據(jù)框或者列表中。而大部分分析結(jié)果都是嵌套類型的list社裆，即一個(gè)list中套...
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數(shù)量生態(tài)_NMDS分析1）排序圖添加環(huán)境梯度等值線 主要用到vegan包的ordisurf函數(shù)拙绊，主要思路是： 將樣點(diǎn)攜帶的環(huán)境因子信息構(gòu)建樣條曲線（splines） 樣點(diǎn)的坐標(biāo)信息和樣條曲線的坐標(biāo)...
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更新說(shuō)明
設(shè)置了一個(gè)更新說(shuō)明。如果對(duì)之前博文內(nèi)容有了更改泳秀、補(bǔ)充标沪，會(huì)在這里貼出來(lái) 時(shí)間更新內(nèi)容博文名字地址2022.12.11“多年均值”數(shù)量生態(tài)_群落生態(tài)學(xué)筆記https://www....
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Markdown離線編輯工具：Haroopad
參考資料： 最好用的離線markdown編輯器Haroopad介紹 Haroopad介紹 Haroopad官方網(wǎng)站 http://pad.haroopress.com/use...
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數(shù)量生態(tài)_群落生態(tài)學(xué)筆記1）生態(tài)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì) 本章節(jié)中， 我們回顧下實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的基本類型嗜傅，具體解釋不再贅述金句，可自行百度或找相關(guān)書目 完全隨機(jī)設(shè)計(jì)Completely randomised design 隨...
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R語(yǔ)言_正則表達(dá)式2(再看貪婪匹配)1 貪婪匹配和非貪婪匹配 網(wǎng)上很多相關(guān)介紹，這里概念解釋不再贅述吕嘀。主要是如何理解這兩種匹配 Note1 : 貪婪匹配的最大長(zhǎng)度匹配 非貪婪匹配的盡可能少的字符匹配 Note2...
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R語(yǔ)言_樣點(diǎn)分布圖1) 經(jīng)緯度轉(zhuǎn)換 2）樣點(diǎn)分布圖 ArcGIS也可以做违寞，依然參照?qǐng)D層概念，在底圖上添加樣點(diǎn)偶房，設(shè)置經(jīng)緯度網(wǎng)格等等趁曼。R中做法如下：
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R語(yǔ)言_table()函數(shù)與因子變量
1 出現(xiàn)問(wèn)題 今天在寫一個(gè)求眾數(shù)的函數(shù)庆杜，思路很簡(jiǎn)單：統(tǒng)計(jì)unique數(shù)值射众，并計(jì)算其頻數(shù)，取最大值就是晃财，函數(shù)如下： 眾數(shù)值沒(méi)有問(wèn)題叨橱，但是此處出現(xiàn)了因子水平levels，函數(shù)最后...
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【ComplexHeatmap包學(xué)習(xí)筆記】2.5 Seriation從學(xué)習(xí)用OncoPrint畫基因組突變的“瀑布圖”断盛，發(fā)現(xiàn)顧博士創(chuàng)造的ComplexHeatmap是非常強(qiáng)大的一個(gè)包罗洗。 顧博士在他的GitHub上展示了這個(gè)強(qiáng)大的包在分析基因組...
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R語(yǔ)言_正則表達(dá)式1
1) 常見元字符 代碼代碼含義.匹配除換行符以外的任意字符\w匹配字母或數(shù)字或下劃線\s匹配任意的空白符\d匹配數(shù)字\b匹配單詞的開始或結(jié)束(定位符)^匹配字符串的開始(定位...
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R語(yǔ)言_圖片排版
20210830 iris數(shù)據(jù) 以下幾個(gè)函數(shù)可以實(shí)現(xiàn)圖片排版，各有特色 1）facet_grid() Note: 不知是否注意到x軸钢猛，3個(gè)分面的坐標(biāo)軸區(qū)間一致伙菜，然后各個(gè)plo...