轉載GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實踐（下） 原創(chuàng)：礦工堿基礦工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已經(jīng)用例子仔細跟大家分享了WGS從原始數(shù)據(jù)到變異數(shù)據(jù)（Fastq...
IP屬地：湖北
-
GATK4.0-vqsr
-
GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的網(wǎng)站诽偷，以前經(jīng)常用GATK call somatic mutation侈净， 但是用的版本太老了，另外服務器最近換了盤编曼，很多代碼路徑都變了豆巨，網(wǎng)上關于GATK4的教...
-
最全bcftools使用說明--只看本文就夠了1 簡介 BCFtools 是一款多種實用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進制的BCF文件掐场。它可以接受VCF格式往扔、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動檢測輸入的格...
-
DNA甲基化數(shù)據(jù)分析全流程
2021-01-01 更新 簡單記錄一下平時的分析過程 和RNA-seq前期流程類似 -- 質控熊户、去接頭萍膛、比對參考基因組、排序 后期就是要提取甲基化位點嚷堡，包括CpG蝗罗、CHG、...
-
RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體蝌戒，又如R包chromoMap串塑，IdeoViz，karyploteR北苟，ggbio和在線工具Idiographica桩匪，雖然能繪制直的...
-
群體進化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成友鼻。通過基因交流向群體中引入新的等位基因傻昙，是遺傳變異一個非常重要的來源，...
-
測序了桃移，然后呢（四）有了OrgDb才能進行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進行GO或者KEGG富集分析屋匕，就需要知道每個基因對應什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應關系借杰，以及基因與G...
-
染色體位置如何注釋到基因名1. 環(huán)境準備 pythongff3文件：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html[https://www.gen...
-
【比較基因組】基因家族擴張與收縮---CAFE篇====環(huán)境和測試數(shù)據(jù)準備===== 需要先安裝OrthoFinder过吻，這個參考前面一個帖子。然后今天我們主要來測試CAFE蔗衡。 安裝也比較簡單： 下載安裝包之后 https:...
