軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操 -
新-03.使用SCTransform標(biāo)準(zhǔn)化流程質(zhì)控降維
具體改進(jìn)： 使用了Seurat官網(wǎng)更新的最新標(biāo)準(zhǔn)化方法SCTransform v2，此方法在下游注釋中可更佳清晰的分辨細(xì)胞亞群。 添加了Harmony算法以對(duì)樣本間批次效應(yīng)進(jìn)...
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單細(xì)胞測序-EWCE包本文主要目的是確定篩選的差異基因主要富集在哪些細(xì)胞中胯舷，可查看官方protocol https://github.com/NathanSkene/EWCE 首先洒琢，確定ctd數(shù)據(jù)...
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TRUST4免疫組庫分析
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 1.背景介紹 人體淋巴細(xì)胞主要包括T細(xì)胞昌跌、B細(xì)胞秉撇。B細(xì)胞約占外周淋巴細(xì)胞總數(shù)的20%夫凸，其主要功能是產(chǎn)生抗體介導(dǎo)體液免疫應(yīng)...
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全網(wǎng)最全免疫組庫分析流程+代碼復(fù)現(xiàn)（一）
免疫組庫（Immune Repertoire浑劳，IR） 是指個(gè)體在某個(gè)特定時(shí)間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細(xì)胞和B細(xì)胞的總和，即V(D)J序列多樣性的集合夭拌。免疫組庫分析是指運(yùn)用高...
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利用TRUST4從bulk RNA-seq中重構(gòu)免疫組數(shù)據(jù)
昨天老師發(fā)給我一篇生信女神Shirley Liu的文章魔熏，看了里面的內(nèi)容之后感覺很興奮～它可以不做免疫組測序，直接從Bulk RNA-seq或者scRNA-seq里面重構(gòu)得到免...
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有相關(guān)性就有因果關(guān)系嗎鸽扁，教你玩轉(zhuǎn)孟德爾隨機(jī)化分析（mendelian randomization ）
流行病學(xué)研究常見的分析就是相關(guān)性分析了蒜绽。 相關(guān)性分析某種程度上可以為我們提供一些研究思路，比如缺乏元素A與某種癌癥相關(guān)桶现，那么我們可以通過補(bǔ)充元素A來減少患癌率躲雅。這個(gè)結(jié)論的大前...
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TwoSampleMR 遇到的坑
第一次嘗試醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)常用的MR，我選擇了比較多用的R包骡和，TwoSampleMR, 這個(gè)包還有一個(gè)webApp -- MRbase.所有流程基本和網(wǎng)上可以搜到的一樣相赁，這里推薦這個(gè)...
