軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
IP屬地：貴州
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操 -
新-03.使用SCTransform標(biāo)準(zhǔn)化流程質(zhì)控降維
具體改進(jìn)： 使用了Seurat官網(wǎng)更新的最新標(biāo)準(zhǔn)化方法SCTransform v2技竟，此方法在下游注釋中可更佳清晰的分辨細(xì)胞亞群反璃。 添加了Harmony算法以對(duì)樣本間批次效應(yīng)進(jìn)...
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單細(xì)胞測(cè)序-EWCE包本文主要目的是確定篩選的差異基因主要富集在哪些細(xì)胞中，可查看官方protocol https://github.com/NathanSkene/EWCE 首先搞监，確定ctd數(shù)據(jù)...
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TRUST4免疫組庫分析
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 1.背景介紹 人體淋巴細(xì)胞主要包括T細(xì)胞、B細(xì)胞空执。B細(xì)胞約占外周淋巴細(xì)胞總數(shù)的20%改备，其主要功能是產(chǎn)生抗體介導(dǎo)體液免疫應(yīng)...
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全網(wǎng)最全免疫組庫分析流程+代碼復(fù)現(xiàn)（一）
免疫組庫（Immune Repertoire，IR） 是指?jìng)€(gè)體在某個(gè)特定時(shí)間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細(xì)胞和B細(xì)胞的總和矗积，即V(D)J序列多樣性的集合全肮。免疫組庫分析是指運(yùn)用高...
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利用TRUST4從bulk RNA-seq中重構(gòu)免疫組數(shù)據(jù)
昨天老師發(fā)給我一篇生信女神Shirley Liu的文章，看了里面的內(nèi)容之后感覺很興奮～它可以不做免疫組測(cè)序棘捣，直接從Bulk RNA-seq或者scRNA-seq里面重構(gòu)得到免...
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有相關(guān)性就有因果關(guān)系嗎辜腺，教你玩轉(zhuǎn)孟德爾隨機(jī)化分析（mendelian randomization ）
流行病學(xué)研究常見的分析就是相關(guān)性分析了。 相關(guān)性分析某種程度上可以為我們提供一些研究思路乍恐，比如缺乏元素A與某種癌癥相關(guān)评疗，那么我們可以通過補(bǔ)充元素A來減少患癌率。這個(gè)結(jié)論的大前...
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TwoSampleMR 遇到的坑
第一次嘗試醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)常用的MR茵烈，我選擇了比較多用的R包百匆，TwoSampleMR, 這個(gè)包還有一個(gè)webApp -- MRbase.所有流程基本和網(wǎng)上可以搜到的一樣，這里推薦這個(gè)...
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RcisTarget||轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序富集RcisTarget準(zhǔn)備 1.安裝RcisTarget所需要的程序包 另外呜投，可以安裝一些其他程序包用來R進(jìn)行cisTarget的交互式展示： RcisTarget主要輸入?yún)?shù)...
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2020-08-19 發(fā)表在Cell的單細(xì)胞文章如何預(yù)處理10X和SmartSeq2數(shù)據(jù)方法部分還是很有參考價(jià)值的 測(cè)序至獲取細(xì)胞 10X測(cè)序技術(shù) 比對(duì)至GRCH38 R包dropletUtils的 函數(shù)將真實(shí)的細(xì)胞同背景RNA表達(dá)區(qū)分開 拿到細(xì)胞后質(zhì)控 根據(jù)比...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會(huì)對(duì)差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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周運(yùn)來，男雕拼，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥纵东，穩(wěn)健，瀟灑悲没，大方篮迎，靠譜。一段生信緣示姿，一棵技能樹甜橱。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人栈戳，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者岂傲，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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https://drive.google.com/open?id=1np-EzG7U9W_Fz_SchBrsAhtqE3_rB_H9老師，谷歌云盤seurat2.rda文件下載不下來褂痰，能否共享下亩进，謝謝老師
免疫組庫數(shù)據(jù)分析1-scRepertoire
免疫組庫基礎(chǔ)知識(shí)見：?jiǎn)渭?xì)胞免疫組庫：TCR基因重排原理和TCR測(cè)序建庫方法[http://www.reibang.com/p/c4896ffadc46] scReperto...
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免疫組庫數(shù)據(jù)分析1-scRepertoire免疫組庫基礎(chǔ)知識(shí)見：?jiǎn)渭?xì)胞免疫組庫：TCR基因重排原理和TCR測(cè)序建庫方法[http://www.reibang.com/p/c4896ffadc46] scReperto...
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淺淺的學(xué)習(xí)歷程<br>生信新手归薛，打工人，搬運(yùn)工匪蝙。<br>像王子文一樣財(cái)務(wù)自由主籍，才可實(shí)現(xiàn)生育自由<br>像李子柒一樣把一件事情做到極致，才可實(shí)現(xiàn)職業(yè)自由
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老師您好逛球，里面的谷歌云盤‘Data_input/csv_files/S01_datafinal.csv’下載不下來千元，能否分享一下，謝謝
單細(xì)胞測(cè)序文章圖表復(fù)現(xiàn)01—讀入文件的表達(dá)矩陣構(gòu)建Seurat對(duì)象
本文是參考學(xué)習(xí) CNS圖表復(fù)現(xiàn)01—讀入csv文件的表達(dá)矩陣構(gòu)建Seurat對(duì)象[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1Njk4ODE0M...
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單細(xì)胞測(cè)序CNS文章圖表復(fù)現(xiàn)
