其實這一部分在前面就已經(jīng)涉及到一些，不過官網(wǎng)既然把這部分拿出來單獨(dú)作為一大塊講解，可能也是因為這一部分可供選擇的可視化方法有很多。對于圖片的優(yōu)化上也有比較詳細(xì)的介紹享潜。 官網(wǎng)這...
IP屬地：云南
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利用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞測序分析（三）Marker基因的可視化 -
7.合并數(shù)據(jù)集：合并與聯(lián)合
Pandas很出眾的一個特性就是高性能的订晌，內(nèi)存內(nèi)的聯(lián)合和合并操作晦譬。如果你曾經(jīng)使用過數(shù)據(jù)庫锡溯，你將會對這種類型的數(shù)據(jù)交互很熟悉谋梭。主要接口是pd.merge函數(shù)信峻，將會看到幾個實際工...
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重磅綜述：三萬字長文讀懂單細(xì)胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）
原文鏈接： https://www.embopress.org/doi/10.15252/msb.20188746 主編評語 這篇文章最好的地方不只在于推薦了工具瓮床，提供了一套...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：使用ingest和BBKNN整合多樣本單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷 隨著單細(xì)胞技術(shù)的成熟盹舞，測序成本的降低，單細(xì)胞的數(shù)據(jù)量和...
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Seurat常規(guī)聚類和SCTransform腳本匯總2022-05-26
前沿 單細(xì)胞常規(guī)分析用得最多的軟件非R語言的Seurat包莫屬隘庄，當(dāng)然還有Python語言的Scanpy踢步，但是對于入門者來說，R語言更容易上手丑掺，而且很多單細(xì)胞分析的擴(kuò)展包也是基...
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python數(shù)據(jù)框數(shù)據(jù)缺失值的指定获印、查找、補(bǔ)齊街州、刪除等操作
缺失值處理： 01 指定要查找的NA值兼丰，ahebdf=read_csv('D:\DATA\pycase\4.4缺失值處理\data2.csv',engine='python'...
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從Scanpy的Anndata對象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫）2022-06-14
關(guān)鍵字 Anndata對象轉(zhuǎn)成Seurat對象 h5文件讀寫 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補(bǔ)充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.reibang.com/p/48a6886...
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python--pandas讀取excel
對excel文件的讀取是數(shù)據(jù)分析中常見的琐谤，在python中蟆技，pandas庫的read_excel方法能夠讀取excel文件，包括xls和xlsx格式斗忌。本文介紹使用pandas...
