其實這一部分在前面就已經(jīng)涉及到一些识樱，不過官網(wǎng)既然把這部分拿出來單獨作為一大塊講解御毅，可能也是因為這一部分可供選擇的可視化方法有很多试幽。對于圖片的優(yōu)化上也有比較詳細(xì)的介紹。 官網(wǎng)這...
IP屬地：云南
-
利用scanpy進行單細(xì)胞測序分析（三）Marker基因的可視化 -
7.合并數(shù)據(jù)集：合并與聯(lián)合
Pandas很出眾的一個特性就是高性能的逐虚，內(nèi)存內(nèi)的聯(lián)合和合并操作。如果你曾經(jīng)使用過數(shù)據(jù)庫，你將會對這種類型的數(shù)據(jù)交互很熟悉钙蒙。主要接口是pd.merge函數(shù)，將會看到幾個實際工...
-
重磅綜述：三萬字長文讀懂單細(xì)胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）
原文鏈接： https://www.embopress.org/doi/10.15252/msb.20188746 主編評語 這篇文章最好的地方不只在于推薦了工具，提供了一套...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：使用ingest和BBKNN整合多樣本單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷 隨著單細(xì)胞技術(shù)的成熟，測序成本的降低疙渣，單細(xì)胞的數(shù)據(jù)量和...
-
Seurat常規(guī)聚類和SCTransform腳本匯總2022-05-26
前沿 單細(xì)胞常規(guī)分析用得最多的軟件非R語言的Seurat包莫屬妄荔，當(dāng)然還有Python語言的Scanpy泼菌，但是對于入門者來說，R語言更容易上手啦租，而且很多單細(xì)胞分析的擴展包也是基...
-
python數(shù)據(jù)框數(shù)據(jù)缺失值的指定篷角、查找焊刹、補齊、刪除等操作
缺失值處理： 01 指定要查找的NA值内地，ahebdf=read_csv('D:\DATA\pycase\4.4缺失值處理\data2.csv',engine='python'...
-
-
從Scanpy的Anndata對象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫）2022-06-14
關(guān)鍵字 Anndata對象轉(zhuǎn)成Seurat對象 h5文件讀寫 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.reibang.com/p/48a6886...
-
python--pandas讀取excel
對excel文件的讀取是數(shù)據(jù)分析中常見的，在python中荆针，pandas庫的read_excel方法能夠讀取excel文件敞嗡，包括xls和xlsx格式。本文介紹使用pandas...
-
我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年航背，我開始自學(xué)生物信息喉悴，那個時候，為了加深自己學(xué)習(xí)玖媚，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記箕肃。 我有一個自己的博客，xu...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-1-課程框架介紹劉小澤寫于19.6.10-課程框架介紹 筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/...
-
單細(xì)胞交響樂1-理解scRNA常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment劉小澤寫于19.10.26-27今魔，更新于2020-06-23勺像，最近會繼續(xù)整理這本資料為何取名叫“交響樂”？因為單細(xì)胞分析就像一個大樂團错森，需要各個流程的協(xié)同配合分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)吟宦，...
-
單細(xì)胞基礎(chǔ)分析之多樣本整合篇作者，追風(fēng)少年i 時下的單細(xì)胞分析蜗侈，都以大樣本量著稱篷牌，擺在面前的第一道難題，便是多樣本的整合分析踏幻，隨之帶來的就是通常講到的批次問題娃磺。而分析的目的，是要尋找真正的生物學(xué)差異叫倍，避...
-
suong ·
老師您好，想請教您下豺瘤，我想整合公共數(shù)據(jù)庫的一些PBMC數(shù)據(jù)吆倦，在選擇高變基因的時候，我是先把這些樣本merge起來選高變基因坐求，還是每個樣本單獨算高變基因求交集蚕泽？
