生信在線數(shù)據(jù)庫(kù)
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生物信息學(xué)相關(guān)文章，用于臨時(shí)存放生信的簡(jiǎn)書(shū)文章逻恐，后續(xù)將會(huì)整理到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專(zhuān)題中去
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具拨匆，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades姆涩、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie惭每、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega骨饿、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools台腥、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS宏赘、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL黎侈、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK察署、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC峻汉、BUSCO贴汪、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit休吠、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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生物信息學(xué)分析教程札記
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