| UPARSE—力挽狂瀾 微生物群落研究最常用的方案莫過于擴增子研究（16S、ITS等擴增子測序技術(shù)）莹妒，通過擴增群落樣本基因組特定區(qū)域片段铛绰，實現(xiàn)對樣本所包含的物種進行分類學(xué)...
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擴增子測序時代背后大佬的恩怨情仇 -
距離向量算法_R語言實現(xiàn)46種距離算法安裝請看 https://www.rdocumentation.org/packages/philentropy/versions/0.7.0#Examples[https:...
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SILVA 數(shù)據(jù)庫
sliva rRNA數(shù)據(jù)庫（http://www.arb-silva.de/[http://www.arb-silva.de/]）用來檢查和比對RNA序列，既可以針對16S/...
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下篇-關(guān)于Pearson相關(guān)性系數(shù)幔虏、Cosine相似度纺念、歐式距離參考https://www.zhihu.com/question/19734616[https://www.zhihu.com/question/19734616]
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上篇-關(guān)于Pearson相關(guān)性系數(shù)、Cosine相似度想括、歐式距離參考https://blog.csdn.net/sixtyfour/article/details/80354164?utm_medium=distribute.pc_rel...
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Perl 讀取json 數(shù)據(jù)
**JSON (JavaScript Object Notation) 數(shù)據(jù)格式陷谱，官方的說法是“一種輕量級的數(shù)據(jù)交換格式。 易于人閱讀和編寫瑟蜈。同時也易于機器解析和生成“烟逊。 我...
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Perl 一句話命令
Perl程序一行命令渣窜，可以替代grep+sed+awk； 一行式選項-e 表示后面接perl的一行式表達式焙格； -p 表示print操作图毕，即對每一讀入的行在經(jīng)過表達式操作后都默...
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Network motifs 算法簡介
所有網(wǎng)絡(luò)，包括生物網(wǎng)絡(luò) biological networks眷唉、社交網(wǎng)絡(luò) social networks予颤、技術(shù)網(wǎng)絡(luò)（例如計算機網(wǎng)絡(luò)和電路）等，都可以用圖的形式來表示冬阳，這些圖中...
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Network motif 知識點簡介導(dǎo)語 模體（motif）是一個對初涉復(fù)雜科學(xué)的人來說蛤虐，相對陌生的概念，但它卻是復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)研究中最有力的工具之一肝陪。2002年的 Science 論文“Network Motifs...
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通俗解釋機器學(xué)習(xí)中的召回率驳庭、精確率、準(zhǔn)確率通俗解釋機器學(xué)習(xí)中的召回率氯窍、精確率饲常、準(zhǔn)確率，一文讓你一輩子忘不掉這兩個詞趕時間的同學(xué)們看這里：提升精確率是為了不錯報狼讨、提升召回率是為了不漏報 先說個題外話贝淤，暴擊一下亂寫博客的...
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UK Biobank 數(shù)據(jù)申請流程UK Biobank 是指通過標(biāo)準(zhǔn)化流程，收集并長期儲存人體生物樣本（如血液和 DNA）及樣本采集對象生理政供、病理播聪、社會經(jīng)濟信息的資源庫，本質(zhì)上也是一種大樣本的人群前瞻性隊列研...
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UK Biobank 數(shù)據(jù)庫介紹
UK Biobank是目前世界上規(guī)模最大的人類遺傳隊列樣本庫布隔，它收集了50萬名來自英國40-69歲志愿者提供的共1500萬份樣本离陶，旨在研究遺傳因素、環(huán)境因素衅檀、生活習(xí)慣等與人類...
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R語言宏基因組學(xué)統(tǒng)計分析學(xué)習(xí)筆記
3.4 微生物數(shù)據(jù)組成分析 早在1897年招刨，皮爾遜就警告說，在器官測量中使用兩個絕對測量值的比值哀军，可能會形成“偽相關(guān)”沉眶。自1920s以來，地質(zhì)學(xué)的研究人員已經(jīng)知道排苍，使用標(biāo)準(zhǔn)的...
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16S多樣性測序到底選擇哪些區(qū)域測定
中科院的周寧一老師，2013年在AEM雜志發(fā)表文章（IntragenomicHeterogeneity of 16S rRNA Genes Causes Overestima...
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腸道細菌合成維生素
維生素是我們身體需要的重要的微量營養(yǎng)素学密，通常是酶的前體淘衙，所有活細胞都需要這些酶來進行生化反應(yīng)。維生素是一種微量營養(yǎng)素腻暮，對包括人體免疫在內(nèi)的各種生物反應(yīng)具有生理作用彤守。因此毯侦，維生...