蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡（PPI） 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通過彼此之間的相互作用構成惠桃，來參與生物信號...
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簡單了解蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(PPI) -
RPKM趟大、FPKM探熔、TPM詳解
簡寫 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個堿基的轉錄每百萬映射讀取的rea...
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轉錄組趨勢分析基本概念 表達趨勢分析（Series Test of Cluster）：將變化特征模式相似的基因歸類到一種變化趨勢中，從而找到實驗變化過程中最具有代表性的基因集以及對應的趨勢...
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STEM軟件分析基因表達模式最近有一批轉錄組數(shù)據(jù)，其實不是時間序列的數(shù)據(jù)，而是從低到高有4個梯度的Al濃度處理的數(shù)據(jù)清酥，每個三個重復，共有12個數(shù)據(jù)蕴侣，想著看一下4個梯度處理下基因表達的模式焰轻，使用了STEM...
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轉錄組中的基因表達模式聚類分析
歡迎關注”生信修煉手冊”! 實驗設計對于轉錄組數(shù)據(jù)的分析是非常重要的，對于常規(guī)的case/control實驗設計昆雀，通過兩組間的差異檢驗就可以得到不同條件下的差異基因辱志；對于多組...
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基因共表達聚類分析及可視化
歡迎關注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/11/gene-cluster/共表達基因的尋找是轉錄組分析的一個部分，樣品多可以使用WGCNA...
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基因表達譜的SOM聚類分析識別功能基因集前不久小編接觸了這樣一個分析狞膘，給定基因表達矩陣后揩懒，通過自組織映射（Self-organizing map，SOM）技術識別其中的高表達基因集挽封，以便和功能建立關聯(lián)已球。 下文將該方...
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msigdbr 包提供多個物種的MSigDB數(shù)據(jù)
富集分析是一種大家常用分析方法；msigdb數(shù)據(jù)庫中有定義好的基因集辅愿，但其中絕大多數(shù)數(shù)據(jù)都是人類的智亮；老鼠和其它物種的基因集有的，但是比較少点待，無法滿足大眾的需求阔蛉。msigdbr...
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R：FactoMineR做PCA本文摘自：R 語言主成分分析(PCA)實戰(zhàn)教程[https://mp.weixin.qq.com/s/uQPCPh09XXQiz9Iau9p5Fg]方便個人學習和查閱 安裝依...
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使用R語言繪制熱圖：R包pheatmap的全參數(shù)詳細介紹pheatmap參數(shù)： 網(wǎng)上有針對熱圖繪制的粗略講解，但是都是參數(shù)不完整癞埠，可能不能滿足所有人需求状原，于是手動整理了熱圖的全參數(shù)介紹。 mat 數(shù)組矩陣（要繪制熱圖的數(shù)據(jù)源苗踪，保證...
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pheatmap 相關性熱圖 基因表達量熱圖熱圖 熱圖概念：熱圖是一個以顏色變化來顯示數(shù)據(jù)的矩陣颠区，可以簡單地聚合大量數(shù)據(jù)，并使用一種漸進的色帶直觀地展現(xiàn)空間數(shù)據(jù)的相對大小徒探。 熱圖在生物學中的應用：生物學中熱圖經(jīng)常用于展...
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GSEA可以做什么
基因集富集分析GSEA（gene-set enrichment analysis）瓦呼。這個操作并不難喂窟，主要就是準備符合GSEA要求的數(shù)據(jù)文件（本地的話4個）测暗，關于文件準備，可細...
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KEGG Module 數(shù)據(jù)庫
具有相同功能的基因被歸類到kegg orthology 中磨澡，每個KO 代表具體的一個功能碗啄。在生命活動中，往往需要多個功能單位共同發(fā)揮作用稳摄，比如多個蛋白質(zhì)構成復合體來發(fā)揮調(diào)控作...
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小鼠基因集-GSKB--R進行GSEA富集分析1. 數(shù)據(jù)集介紹 ??由于人類基因集富集分析稚字，有msigdb數(shù)據(jù)庫[https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp]，上面有各種...
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GO KEGG GSEA-ClusterProfilerlibrary(clusterProfiler) setwd("D:/Desktop/") a=read.table("universeGeneIDs.txt",header...
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零基礎-絕對完成GO/KEGG pathway富集分析-和-繪圖寫在前面 約莫一個月前，不知為何胆描，突然收到好幾個朋友問了一些TBtools的使用問題瘫想。按照我個人的設想，TBtools的使用應該不會存在使用問題昌讲。從開放使用至今国夜，幾乎沒有停止...
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R語言配色方案: Colors in R前言：巧妙的色彩搭配，能夠繪制出更具審美價值的圖片短绸，令人耳目一新车吹。本文主要講解比較受歡迎的R包配色方案。 （一）：RColorBrewer 包 調(diào)色板有3種類型：連續(xù)型調(diào)色板...
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ggplot2-plotly|讓你的火山圖“活”過來
火山圖（Volcano Plot）常用于展示基因表達差異的分布醋闭，橫坐標常為Fold change（倍數(shù)）窄驹，越偏離中心差異倍數(shù)越大；縱坐標為P value（P值）证逻，值越大差異越...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計學分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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R-clusterProfiler: GO/KEGG + 可視化常用的分析方法： 過表征分析 (over representation analysis, ORA) ：先找出差異基因乐埠，再對差異基因進行如GO/KEGG等富集 基因富集分析 ...