最近在做基因家族分析损晤。拿到了基因家族成員的序列之后哎甲，當(dāng)開(kāi)始做進(jìn)化樹時(shí)就遇到了些問(wèn)題芽隆，然后就在網(wǎng)上搜索了些教程僵闯，和一些網(wǎng)站。 一妖混、首先說(shuō)一下發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹（Phylogen...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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2023-03-27系統(tǒng)發(fā)育樹 -
minimap2 + samtools 比對(duì)參考序列萍恕，并提取unmapped reads
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
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三代測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)與大片段插入檢測(cè)
最近做了三代測(cè)序（ONT）蟀拷，用于檢測(cè)特定區(qū)段是否存在大片段的插入缺失碰纬，整個(gè)流程主要用到了minimap2和delly。 第一步：使用minimap2進(jìn)行比對(duì) Minimap2...
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實(shí)用生信小技巧：利用pysam高效處理bam文件
由于bam文件是二進(jìn)制的壓縮文件问芬，正常情況下我們無(wú)法用普通編輯器打開(kāi)查看悦析，一般情況下我們借助samtools軟件來(lái)對(duì)文件進(jìn)行處理。但很多小伙伴一定遇到過(guò)這樣的問(wèn)題：如果我想對(duì)...
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2020-12-21利用PopART繪制單倍型網(wǎng)絡(luò)圖A圖中就是一個(gè)單體型網(wǎng)絡(luò)此衅，每個(gè)彩色圓代表一種單體型强戴，圓的大小表示該單體型包含的樣本數(shù)，兩個(gè)圓之間的連線表示兩個(gè)單體型彼此相關(guān)挡鞍，連線上的短線表示從一個(gè)單體型變?yōu)榱硪粋€(gè)單體型需要...
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hifiasm（高質(zhì)量組裝PicBio HiFi數(shù)據(jù)骑歹，同樣也是可以組裝T2T級(jí)別）hifiasm 如果你基因組是簡(jiǎn)單的二倍體，不復(fù)雜墨微，不是高重復(fù)或者高雜合道媚，測(cè)序數(shù)據(jù)還是PicBio HiFi數(shù)據(jù)，選擇hifiasm進(jìn)行組裝是個(gè)不錯(cuò)的選擇翘县，對(duì)于處理PicBi...
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Minimap2（2.20）使用記錄
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用最域，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正锈麸！ 官方說(shuō)明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
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dotPlotly軟件的安裝及使用
下載dotPlotly至本地镀脂，上傳到服務(wù)器解壓 進(jìn)入R 添加R鏡像源 安裝需要的R包 測(cè)試腳本 數(shù)據(jù)測(cè)試 注意：
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在線畫circos圖，簡(jiǎn)單易操作1 什么是circos圖 （1）Circos圖最外圈一般是染色體的示意圖忘伞，上面的刻度表示染色體的坐標(biāo)位置薄翅。內(nèi)圈是我們所要展示的數(shù)據(jù)钞馁，每一圈都是以最外圈為坐標(biāo)，展示相應(yīng)位置發(fā)生...
