最近在做基因家族分析笔咽。拿到了基因家族成員的序列之后劣像，當(dāng)開(kāi)始做進(jìn)化樹(shù)時(shí)就遇到了些問(wèn)題，然后就在網(wǎng)上搜索了些教程晾虑，和一些網(wǎng)站瘫怜。 一更扁、首先說(shuō)一下發(fā)育樹(shù) 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)（Phylogen...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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2023-03-27系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) -
minimap2 + samtools 比對(duì)參考序列翰铡，并提取unmapped reads
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
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三代測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)與大片段插入檢測(cè)
最近做了三代測(cè)序（ONT）妨退，用于檢測(cè)特定區(qū)段是否存在大片段的插入缺失妇萄，整個(gè)流程主要用到了minimap2和delly蜕企。 第一步：使用minimap2進(jìn)行比對(duì) Minimap2...
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實(shí)用生信小技巧：利用pysam高效處理bam文件
由于bam文件是二進(jìn)制的壓縮文件，正常情況下我們無(wú)法用普通編輯器打開(kāi)查看嚣伐，一般情況下我們借助samtools軟件來(lái)對(duì)文件進(jìn)行處理糖赔。但很多小伙伴一定遇到過(guò)這樣的問(wèn)題：如果我想對(duì)...
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2020-12-21利用PopART繪制單倍型網(wǎng)絡(luò)圖A圖中就是一個(gè)單體型網(wǎng)絡(luò)，每個(gè)彩色圓代表一種單體型轩端，圓的大小表示該單體型包含的樣本數(shù)放典，兩個(gè)圓之間的連線表示兩個(gè)單體型彼此相關(guān)，連線上的短線表示從一個(gè)單體型變?yōu)榱硪粋€(gè)單體型需要...
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hifiasm（高質(zhì)量組裝PicBio HiFi數(shù)據(jù)基茵，同樣也是可以組裝T2T級(jí)別）hifiasm 如果你基因組是簡(jiǎn)單的二倍體奋构，不復(fù)雜，不是高重復(fù)或者高雜合拱层，測(cè)序數(shù)據(jù)還是PicBio HiFi數(shù)據(jù)弥臼，選擇hifiasm進(jìn)行組裝是個(gè)不錯(cuò)的選擇，對(duì)于處理PicBi...
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Minimap2（2.20）使用記錄
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用根灯，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出径缅，我立刻改正！ 官方說(shuō)明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
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dotPlotly軟件的安裝及使用
下載dotPlotly至本地烙肺，上傳到服務(wù)器解壓 進(jìn)入R 添加R鏡像源 安裝需要的R包 測(cè)試腳本 數(shù)據(jù)測(cè)試 注意：
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在線畫(huà)circos圖纳猪，簡(jiǎn)單易操作1 什么是circos圖 （1）Circos圖最外圈一般是染色體的示意圖，上面的刻度表示染色體的坐標(biāo)位置桃笙。內(nèi)圈是我們所要展示的數(shù)據(jù)氏堤，每一圈都是以最外圈為坐標(biāo)，展示相應(yīng)位置發(fā)生...
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使用Misa結(jié)合Primer3來(lái)批量設(shè)計(jì)SSR引物
一搏明、何為 SSR ? SSR ( simple sequence repeats ) 即簡(jiǎn)單重復(fù)序列鼠锈，也稱(chēng)為微衛(wèi)星 DNA(microsatellite DNA )，在真核生...
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perl：計(jì)算fasta的GC含量
導(dǎo)讀 我的小駱駝已經(jīng)六歲了星著，這幾天才自己學(xué)著走路购笆。 一、目的 我的fasta文件是下面那個(gè)樣子虚循，我要統(tǒng)計(jì)每條序列的GC堿基與該序列的總堿基比由桌。順便比較一下每條序列的GC占比與...
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基因組組裝----SPAdes(一)
關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡(jiǎn)書(shū):http://www.reibang.com/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用斗蒋，但是由于結(jié)果整體不...
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利用orthofinder尋找單拷貝基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)新的系列系列教程[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]已上傳捌斧，大家可以去看新的教程 1.orthofinder介紹 OrthoFin...
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blast以后使用python提取比對(duì)上的序列簡(jiǎn)單小例子這里我們用到biopython blast 的輸出結(jié)果需要保存為 xml 格式 -outfmt 設(shè)置為5 首先是blast 構(gòu)建索引 比對(duì) 接下來(lái)是python里的操作 導(dǎo)入...
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OrthoFinder2：直系同源基因的尋找以及Orthogroup構(gòu)建
OrthoFinder2算法解讀 1）基因樹(shù)的構(gòu)建， 尋找序列之間的同源關(guān)系（相似度的計(jì)算）：diamond泉沾，blast捞蚂，mmseq2 基因樹(shù)的推斷：DendroBLAST，...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
