在做三代測序全長轉錄組分析工具調研時军掂，記錄一些和三代測序工作相關的實驗室和PI台猴，那就先從開發(fā)FLAIR軟件的實驗室開始吧森渐！ Angela N. Brooks 教授 Brook...
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三代測序人物系列 | Angela N. Brooks -
全長轉錄組 | ONT Direct RNA測序 (DRS) 技術原理趾娃、數據分析和應用"牛津納米孔技術公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）開發(fā)的第三代測序平臺是 目前唯一能夠直接對天然RNA鏈進行測序的技術平臺喂很。ONT - ...
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@魏玉平 再檢查一下參數設置惜颇，是不是哪里打錯了呢
全長轉錄組 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全長轉錄組分析流程 -- 數據質控和預處理
ONT全長轉錄組測序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代測序平臺進行的全長轉錄組測序少辣。利用三代測序平臺長度長 （lo...
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Nanopore數據分析軟件tomoboNanopore數據分析軟件tomobo Tombo is a suite of tools primarily for the identification of modi...
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全長轉錄組 | 三代全長轉錄組分析流程（PacBio & ONT ）-- Flair今天我們介紹一款使用三代全長轉錄本數據進行轉錄本校正，聚類煎殷，可變剪切分析屯伞，定量和差異分析為一體的工具 - FLAIR[https://flair.readthedocs.io...
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Gviz繪制基因isoform結構The Gviz User Guide[http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/in...
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全長轉錄組 | 三代全長轉錄之circRNA（ONT ）-- CIRI-long環(huán)狀RNA（circular RNA劣摇，circRNA）是一類特殊的非編碼RNA（noncoding RNA，ncRNA）弓乙，也是RNA領域最新的研究熱點末融。與傳統(tǒng)的線性RNA（l...
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@朝赤 如果單純想去接頭的話，可以試試Porechop ：https://github.com/rrwick/Porechop暇韧，2018年停止更新維護了勾习，但是依然可以用，我嘗試過⌒覆＃現在有最新的Porechop_ABI：https://github.com/bonsai-team/Porechop_ABI巧婶，可以試試。
三代測序 - Oxford Nanopore (ONT) 數據分析 - 數據質控和過濾
對于二代測序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]軟件對原始下機數據質量進行全面的統(tǒng)計及繪圖艺栈，多樣本時可進一步結合使...
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全長轉錄組 | PacBio 全長轉錄組測序的時代是否已經來了英岭？ Kinnex full-length RNA Kit測評個人認為隨著國內第一批PacBio Kinnex full-length RNA測序數據的下機，以及Revio測序儀的加持湿右，PacBio全長轉錄組正式進入可定量的時代诅妹。至此，...
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全長轉錄組 | 三代全長轉錄組分析流程（PacBio & ONT ）-- Bambu今天我們繼續(xù)介紹一款使用三代全長轉錄本數據進行轉錄本注釋和定量的工具 - Bambu[https://github.com/GoekeLab/bambu]毅人。來自新加坡科技研究...
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最早可以使用ONT官方的pinfish：https://github.com/nanoporetech/pinfish】越疲現在已經停止更新了。 您可以試試FLAIR：https://flair.readthedocs.io/en/latest/index.html堰塌；做到flair collapse 這一步就可以赵刑。
全長轉錄組 | Iso-Seq 三代測序數據分析流程 (PacBio) （2）-- pigeon
通過isoseq collapse和pigeon分衫，我們最終能得到帶有基因注釋的表達矩陣场刑，后續(xù)基因的差異分析，差異基因的KEGG注釋等都和二代RNA-seq類似了蚪战。 Isose...
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@榮_e687 您好您好牵现，最早可以使用ONT官方的pinfish：https://github.com/nanoporetech/pinfish。現在已經停止更新了邀桑。 您可以試試FLAIR：https://flair.readthedocs.io/en/latest/index.html瞎疼；做到flair collapse 這一步就可以。
全長轉錄組 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全長轉錄組分析流程 -- 數據質控和預處理
ONT全長轉錄組測序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies壁畸，ONT）三代測序平臺進行的全長轉錄組測序贼急。利用三代測序平臺長度長 （lo...
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全長轉錄組 | 三代全長轉錄組分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant今天我們介紹一款使用三代全長轉錄本數據進行轉錄本注釋和定量的工具 - IsoQuant[https://www.nature.com/articles/s41587-022-...
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微生物全長16S | Full-length 16S Analysis -- PacBio Hifi Reads微生物研究新世代 -- 三代全長16S （Full-length 16S） 時至今日，微生物群落研究已全面進入測序分析階段捏萍，當前研究主流處于二代擴增子與三代擴增子交接的時段太抓。...
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全長轉錄組 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全長轉錄組分析流程 -- 數據質控和預處理ONT全長轉錄組測序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies走敌，ONT）三代測序平臺進行的全長轉錄組測序。利用三代測序平臺長度長 （lo...
