請(qǐng)問下構(gòu)建數(shù)據(jù)庫會(huì)得到數(shù)據(jù)庫文件嗎？我按照這個(gè)構(gòu)建笼吟，沒有得到數(shù)據(jù)庫文件源内，在注釋的時(shí)候提示下載這個(gè)數(shù)據(jù)庫文件，但是下載失敗胞谈，請(qǐng)問這怎么解決吧蟠拧购对？謝謝啡浊！
snpEff構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫及完成vcf變異文件注釋1. 如果在沒有jdk12的conda下安裝snpeff觅够，會(huì)報(bào)錯(cuò) 解決方法（針對(duì)非root用戶） 參考：http://www.reibang.com/p/3e3ebd397...
我用EVM的腳本轉(zhuǎn)換老師報(bào)錯(cuò)，把miniprot的gff轉(zhuǎn)為EVM的gff巷嚣，請(qǐng)問有遇到過的嗎喘先？
EVM基因組注釋合并，你真的做對(duì)了嗎廷粒？基因組注釋這個(gè)東西攻略是五花八門窘拯，有些地方其實(shí)寫錯(cuò)了红且，作者還以為很對(duì)，為什么呢树枫，因?yàn)镋VIDENCEModerler經(jīng)常在錯(cuò)誤的輸入文件下也能跑直焙，只是你不知道罷了景东。 今天帶大...
您好砂轻，請(qǐng)問下miniprot得到的gff格式化，怎么轉(zhuǎn)變?yōu)镋VM可使用的格式啊斤吐，謝謝搔涝！
EVM基因組注釋合并，你真的做對(duì)了嗎和措？基因組注釋這個(gè)東西攻略是五花八門庄呈，有些地方其實(shí)寫錯(cuò)了，作者還以為很對(duì)派阱，為什么呢诬留，因?yàn)镋VIDENCEModerler經(jīng)常在錯(cuò)誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了贫母。 今天帶大...
@zz_a46c 參數(shù)設(shè)置有問題文兑，你是默認(rèn)參數(shù)吧
應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對(duì)大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長度腺劣，所以一般都是逐個(gè)基因的比較绿贞，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方...
大佬，請(qǐng)問下您這8層文件是怎么來的橘原，這個(gè)才是關(guān)鍵
十二. Circos基因組作圖前言 最近進(jìn)行基因組數(shù)據(jù)分析籍铁，繪制圈圖，想做兩個(gè)基因組的比較分析趾断，通過查詢文獻(xiàn)拒名，發(fā)現(xiàn)棉花基因組圈圖在細(xì)節(jié)方面做的較好，主要就是染色體排布中間對(duì)稱芋酌，這樣共線性連線就不會(huì)出現(xiàn)交叉...
我之前用過eggNOG注釋增显，然后做go和kegg，似乎kegg結(jié)果很少８舻铡甸怕！
本地搭建植物KEGG數(shù)據(jù)庫及進(jìn)行注釋KEGG數(shù)據(jù)庫包含豐富的功能信息及通路注釋，可由此了解生物系統(tǒng)的功能和效用腮恩。 而官方已經(jīng)不再免費(fèi)提供FTP下載氨基酸以及核酸序列庫梢杭，并且KAAS和Kofam等官方工具，要么在...
用PMAT跑不出來秸滴，很復(fù)雜沒有辦法解環(huán)武契，試試這個(gè)軟件，但是請(qǐng)問下第三步和第四步的配置文件該怎么修改啊咒唆？謝謝各位大佬届垫！
跟著Briefings in Bioinformatics學(xué)數(shù)據(jù)分析：植物線粒體基因組組裝流程GSAT初步嘗試論文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based ...
請(qǐng)問下怎么設(shè)置線程啊，按照這個(gè)線程設(shè)置報(bào)錯(cuò)
「三代組裝」使用Canu對(duì)三代測序進(jìn)行基因組組裝Canu簡介 目前Canu已經(jīng)更新到2.0版本全释，本文用的是Cau1.6版本装处，一些參數(shù)可能存在變動(dòng)，請(qǐng)注意分辨浸船。 Canu是Celera的繼任者妄迁，能用于組裝PacBio和Nan...
絕了，怎么安裝都報(bào)錯(cuò)李命！
比較基因組學(xué)之共線性工具JCVI安裝及使用比較基因組學(xué)之共線性工具JCVI安裝及使用 jcvi及依賴的安裝 $ conda create -n jcvi -c bioconda -c conda-forge jcvi...
請(qǐng)問呢下minimap2要運(yùn)行多久登淘，結(jié)果文件多大啊，太慢了
De novo組裝#04 | 基因組去冗余（purge_dups）寫在前面 冗余序列的產(chǎn)生和多種因素有關(guān)封字，如 CLR 的測序錯(cuò)誤黔州，基因組自身的雜合性和重復(fù)序列的影響等等，purge_dups軟件能根據(jù)read深度分析組裝中haplotigs...
據(jù)說Autohic可以自動(dòng)更正和調(diào)整阔籽，但是我用了效果很差流妻，800多M的基因組，經(jīng)過他調(diào)整就只有60多M了仿耽，這肯定不行啊
【基因組組裝】HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯(cuò)合冀？1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發(fā)。如果是復(fù)雜基因組项贺，肯定是首選君躺。對(duì)于簡單基因組，我跑了下开缎，結(jié)果不佳棕叫。提了issue，張老師...
老板寫的不錯(cuò)扎拣，很詳細(xì)赴肚，我要用二代reads和pacbio revio HIFI reads來polish素跺，請(qǐng)問配置文件該怎么修改啊誉券？就是第四種polish吧指厌，大佬？謝謝踊跟！
De novo組裝#05 | 基因組糾錯(cuò)polish（racon+pilon, nextpolish）寫在前面 在進(jìn)行染色體掛載之前一般對(duì)得到的 "primary assembly"（主要組裝/初始組裝結(jié)果）進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化踩验，以減少錯(cuò)誤，提高基因組的質(zhì)量和準(zhǔn)確性琴锭。然后再將這些...
請(qǐng)問下得到全長轉(zhuǎn)錄本后晰甚，怎么得到consensus sequences？謝謝大佬
全長轉(zhuǎn)錄組 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全長轉(zhuǎn)錄組分析流程 -- 數(shù)據(jù)質(zhì)控和預(yù)處理ONT全長轉(zhuǎn)錄組測序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies决帖，ONT）三代測序平臺(tái)進(jìn)行的全長轉(zhuǎn)錄組測序。利用三代測序平臺(tái)長度長 （lo...
您好蓖捶，我nanopore測的全長轉(zhuǎn)錄本地回，無參考基因組，pychopper得到全長數(shù)據(jù)俊鱼，我后續(xù)該怎么得到consensus sequences刻像？謝謝！
全長轉(zhuǎn)錄組 | Iso-Seq 三代測序數(shù)據(jù)分析流程 (PacBio) （2）-- pigeon通過isoseq collapse和pigeon并闲，我們最終能得到帶有基因注釋的表達(dá)矩陣细睡，后續(xù)基因的差異分析，差異基因的KEGG注釋等都和二代RNA-seq類似了帝火。 Isose...
請(qǐng)問你輸入reads呢九巡？
線粒體組裝軟件（1）Mitofinder軟件介紹 聽名字就可以猜出來Mitofinder是一個(gè)專門用于組裝線粒體基因組的軟件图贸，該軟件運(yùn)行于liunx平臺(tái)，不僅可以用于組裝線粒體的基因組還可以用于注釋線粒體基因組冕广，不...
請(qǐng)問下運(yùn)行快嗎疏日？200G二代數(shù)據(jù)，20線程大概多久可以運(yùn)行完成叭龊骸沟优？
基因組組裝—SOAPdenovo2的使用一、簡介 SOAPdenovo2是用于short-read組裝的軟件神凑，能夠組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖净神。SOAPdenovo主要用于大型植物和動(dòng)物基因組的組裝...
請(qǐng)問下conda安裝的何吝，沒有mitfi這個(gè)文件，是怎么回事熬槲ā爱榕？然后tRNA注釋就運(yùn)行不了，然后報(bào)錯(cuò)就停止運(yùn)行了坡慌？麻煩大佬看到回復(fù)下黔酥，謝謝！
線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經(jīng)歷洪橘，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）跪者。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)，因?yàn)槿~綠體和線粒體是多拷貝的熄求，...
大佬這好詳細(xì)渣玲，謝謝了
De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫在前面 初始組裝經(jīng)過基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后弟晚，就可以將其掛載到染色體上忘衍，使其由contig/scaffold級(jí)別的基因組提升到chromoso...
