寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了碎紊，相關(guān)腳本腋么、教程也很多济锄，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧之碗。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間美浦，但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)圃郊，不斷記錄反思弹谁，也...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析 -
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（二）
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（二） 四、過濾 raw data -> fastqc 使用trim_galore軟件進(jìn)行質(zhì)控买鸽，過濾 過濾后的文件如下： clean data...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（三）ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（三） 六、合并bam文件 在進(jìn)行peaks calling的時(shí)候贯被，需要把bam進(jìn)行合并眼五。 得到全新的bam文件如下： 假如需要去除PCR重...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（一）ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（一） 一、安裝軟件（conda） 二彤灶、下載數(shù)據(jù) 參考文獻(xiàn) Brookes, E. et al. Polycomb associates ge...
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Linux命令萬字總結(jié)看幼，帶你實(shí)現(xiàn)基礎(chǔ)Linux命令自由前言 Linux系統(tǒng)的基本操作，對(duì)于大多數(shù)計(jì)算機(jī)類相關(guān)學(xué)生或者相關(guān)從業(yè)人員都很重要幌陕，本文以樹莓派的Linux系統(tǒng)為實(shí)例诵姜，從基礎(chǔ)出發(fā)，詳細(xì)介紹Linux系統(tǒng)中最基礎(chǔ)的操作搏熄。 什...
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conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過conda安裝棚唆，省去了很多的安裝、修bug的煩惱心例。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件宵凌，conda一行命令就搞定了。前兩天有個(gè)胖友問我gatk 3.8的版本在哪里...
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ChIP-seq（二）：數(shù)據(jù)下載止后，過濾瞎惫，比對(duì)1數(shù)據(jù)獲得 2 格式轉(zhuǎn)換 3 質(zhì)控 主要是看是否有接頭序列 4. 去除接頭 接頭序列：GATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG 去除完接頭最好再次質(zhì)控...
