最近在做CNV項目，整理一下用CNVkit call CNV的 pipeline 1.軟件下載和安裝 首先cnvkit是根據(jù)python寫的，所以首先需要安裝python钓简。c...
IP屬地：上海
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CNVkit call CNV
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@一束小花_c9f1 是的
關于stringtie定量基因的時候臂外，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達基因分析的時候的時候伴澄，最后會輸出很多帶MSTRG字樣的geneid。 我一開始搜索這個問題账劲，...
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@Jinshengxu 可以的得到的戳护，每一個樣本的FPKM和TPM在每個樣本的gtf文件中，但是每一個樣本的FPKM沒有合并瀑焦，stringtie官網(wǎng)提供的腳本只是計算counts
關于stringtie定量基因的時候腌且，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達基因分析的時候的時候，最后會輸出很多帶MSTRG字樣的geneid榛瓮。 我一開始搜索這個問題铺董，...
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@jamesjin63 不可解釋的一部分，是不同變量之間的互作之類的嗎
R-多分類logistic回歸（機器學習）
多分類logistic回歸 在之前文章介紹了禀晓，如何在R里面處理多分類的回歸模型精续，得到的是各個因素的系數(shù)及相對OR，但是解釋性粹懒，比二元logistic回歸方程要冗雜的多重付。 那么...
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您好，請問在Break Down profile中的intercept(截距)代表什么意義呢凫乖，我僅知道它代表這個模型中間這一類的樣本所占的比例确垫，那么他對樣本的預測所起的作用是什么呢
R-多分類logistic回歸（機器學習）
多分類logistic回歸 在之前文章介紹了，如何在R里面處理多分類的回歸模型帽芽，得到的是各個因素的系數(shù)及相對OR删掀，但是解釋性，比二元logistic回歸方程要冗雜的多嚣镜。 那么...
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應該還是不行爬迟，你可以試試
關于stringtie定量基因的時候，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達基因分析的時候的時候菊匿，最后會輸出很多帶MSTRG字樣的geneid付呕。 我一開始搜索這個問題计福，...
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請問一下邊際效應這一節(jié)的plot_df這個函數(shù)是哪個包里面的
R-多分類logistic回歸（機器學習）
多分類logistic回歸 在之前文章介紹了，如何在R里面處理多分類的回歸模型徽职，得到的是各個因素的系數(shù)及相對OR象颖，但是解釋性，比二元logistic回歸方程要冗雜的多姆钉。 那么...
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臨床數(shù)據(jù)分析潮瓶、數(shù)據(jù)可視化陶冷、機器學習、Python/R<br><br>Github：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fjamesjin63" target="_blank">https://github.com/jamesjin63</a><br>歡迎關注我們的公眾號：EpiHub
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R-多分類logistic回歸（機器學習）多分類logistic回歸 在之前文章介紹了毯辅，如何在R里面處理多分類的回歸模型埂伦，得到的是各個因素的系數(shù)及相對OR，但是解釋性思恐，比二元logistic回歸方程要冗雜的多沾谜。 那么...
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VST應該不是用來標準化的吧，vst是對標準化后的值進行正態(tài)轉換
DEseq2-差異分析
數(shù)據(jù)讀入 使用airway中的數(shù)據(jù)胀莹，SummarizedExperiment格式基跑。 如果沒有SummarizedExperiment格式也可以使用DESeqDataSetFr...
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很好奇為什么要篩選絕對中位偏差這一步呢，如果是沒有重復的樣本描焰，個體間存在偏差感覺是正常的
WGCNA分析媳否，簡單全面的最新教程
本文應該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔栈顷。第一全的還在路上逆日，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉錄組測序分析實戰(zhàn)班上，歡迎點擊鏈接了解更多萄凤。 WGC...
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@RenJ_9394 好的，請問Q30大于90%可以算高質量數(shù)據(jù)嗎
使用GATK從RNA-seq數(shù)據(jù)中call variants
GATK官方給出了從RNA-seq數(shù)據(jù)中尋找變異位點的流程搪哪，但這個示意圖比較簡潔靡努，實際操作時一不小心就會報錯，故經(jīng)過探索晓折，記錄下這個流程的細節(jié)以及半自動化的腳本惑朦。 1. 軟件...
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請問一下在這個流程中不進行BQSR和VQSR沒關系嗎
使用GATK從RNA-seq數(shù)據(jù)中call variants
GATK官方給出了從RNA-seq數(shù)據(jù)中尋找變異位點的流程，但這個示意圖比較簡潔漓概，實際操作時一不小心就會報錯漾月，故經(jīng)過探索，記錄下這個流程的細節(jié)以及半自動化的腳本胃珍。 1. 軟件...
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引物設計軟件
科研干貨丨手把手教你做PCR引物設計梁肿！
在整個PCR體系中蜓陌，引物占有十分重要的地位。PCR的特異性要求引物與靶DNA特異結合吩蔑，不與其他非目的的DNA結合钮热，PCR的靈敏性要求DNA聚合酶能與引物進行有效的延伸，可見引...
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科研干貨丨手把手教你做PCR引物設計！在整個PCR體系中赘娄，引物占有十分重要的地位仆潮。PCR的特異性要求引物與靶DNA特異結合，不與其他非目的的DNA結合遣臼，PCR的靈敏性要求DNA聚合酶能與引物進行有效的延伸鸵闪，可見引...
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SeqLogo的私人定制？你可以的暑诸。寫在前面 前述蚌讼，TBtools增加了一個功能，使各個操作系統(tǒng)下个榕，用戶均可以正常使用MEME/MAST篡石，進行一定的motif分析（即使你是windows用戶，也不需要虛擬機或命...
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@陳王元 互幫互助
關于stringtie定量基因的時候西采，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達基因分析的時候的時候凰萨，最后會輸出很多帶MSTRG字樣的geneid。 我一開始搜索這個問題械馆，...
