理論知識 GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）枪芒，該方法發(fā)表于2005年的Gene set enrichment analysis: a kno...
IP屬地：廣東
-
GSEA 富集分析 -
深入解析Seurat整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)函數(shù)FindIntegrationAnchors 2（CCA和L2正則化算法）hi 各位吃溅，今天我們來深入了解一下Seurat做多樣本整合的深入算法状植，CCA算法以及FindIntegrationAnchors函數(shù)中的的參數(shù)l2.norm 先來知道一下C...
-
R語言繪圖配色-RcolorBrewer包學(xué)習(xí)及進(jìn)階畫圖的過程中發(fā)現(xiàn)顏色太丑了，簡單學(xué)一下配色埠戳。 RcolorBrewer包 看到有三種配色方法sequential： 生成漸變的顏色，標(biāo)記連續(xù)型數(shù)據(jù)大小，可選擇顏色種類范圍是3...
-
傾向性評分匹配完整實例（R實現(xiàn)）傾向性評分匹配（propensity score matching, PSM）主要是在隨機(jī)對照試驗(Randomized controlled trials,RCT)中用于衡...
-
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）22種基因差異分析方法匯總hello给郊，大家好，抓住這一周最后的小尾巴捧灰，給大家匯總一下我們單細(xì)胞數(shù)據(jù)尋找差異基因的22種方法淆九，之前我分享的一篇文章10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總[ht...
-
@王鑠_d468 find.anchor應(yīng)該是批次校正前尋找鉚釘基因的函數(shù)
單細(xì)胞多樣本整合（同批次）
單細(xì)胞前期工作重要的是如何將測序得到的多樣本整合同步分析： library(Seurat) folders=list.files('./') #列出文件夾 folders=f...
-
RNA-seq中的那些統(tǒng)計學(xué)問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
-
主要是對R不夠熟悉
單細(xì)胞多樣本整合（同批次）
單細(xì)胞前期工作重要的是如何將測序得到的多樣本整合同步分析： library(Seurat) folders=list.files('./') #列出文件夾 folders=f...
-
單細(xì)胞多樣本整合（同批次）
單細(xì)胞前期工作重要的是如何將測序得到的多樣本整合同步分析： library(Seurat) folders=list.files('./') #列出文件夾 folders=f...
-
MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心砂豌，又辜負(fù)了努力
-
洛克菲勒大學(xué)2021年生信課1：Introduction to R, session 1R語言零基礎(chǔ)同學(xué)看過來了泵肄，Rockefeller University最新的生信公開課。因為這個系列的課有PPT焕蹄，所以我直接把PPT貼上來了逾雄，就不自己逐字逐句的打了（我好懶）...
-
單細(xì)胞imputation數(shù)據(jù)補(bǔ)全之KNN-smoothing
單細(xì)胞測序面臨的一個不可忽視的技術(shù)問題，就是dropout事件（表達(dá)大量的0值腻脏，表達(dá)矩陣比較稀疏）鸦泳，如何克服這些噪聲，研究者開發(fā)了一些方法永品，用以填補(bǔ)這些0值做鹰，克服技術(shù)噪聲。2...
-
Graph Embedding之DeepWalk??DeepWalk是一種用來學(xué)習(xí)圖（網(wǎng)絡(luò)）中頂點的潛在表示的一種基于簡單神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的算法鼎姐。DeepWalk 算法第一次將深度學(xué)習(xí)中的技術(shù)引入到圖（網(wǎng)絡(luò)）表示學(xué)習(xí)領(lǐng)域钾麸，且充分利...
-
RNA-seq 轉(zhuǎn)錄組批次效應(yīng)校正 combat代碼
在合并分析不同來源或不同數(shù)據(jù)集的時候，需要做一個合并前的批次校正炕桨，在校正前后喂走，可用PCA聚類查看批次校正的效果，以評估校正的可靠性谋作。 這里我們用到的是sva包的combat函...
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化
我們在得到單細(xì)胞數(shù)據(jù)raw count以后芋肠，需要對單細(xì)胞進(jìn)行一個標(biāo)準(zhǔn)化處理，然后再進(jìn)行下游分析遵蚜。 在scRNA-seq中帖池，由于每個細(xì)胞的起始轉(zhuǎn)錄分子量有限，每個細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄本的...
-
好記性不如爛筆頭
非常久沒有做學(xué)習(xí)筆記的分享了吭净，其實自己一直有在用印象筆記做學(xué)習(xí)記錄睡汹，但是一般都記錄地比較瑣碎，畢竟是自己看得懂就行寂殉。所以很多筆記都不夠系統(tǒng)囚巴，因此我想要對自己的博士課題（主要是...
-
矩陣奇異值分解(SVD)及其應(yīng)用（PCA）一前言 特征值 奇異值 二奇異值計算 三PCA 1）數(shù)據(jù)的向量表示及降維問題 2）向量的表示及基變換 3）基向量 4）協(xié)方差矩陣及優(yōu)化目標(biāo) 5）方差 6）協(xié)方差 7）協(xié)方差矩...
-
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘||DOSE：疾病本體論語義相似分析在拿到單細(xì)胞數(shù)據(jù)之后彤叉，我們指的跑完了cellranger 、scater村怪、singleR秽浇、 seurat、monocle這些培訓(xùn)班老師帶你走完的流程之后甚负，要進(jìn)一步的挖掘或者輔...
