基因表達(dá)趨勢(shì)分析-1：TCseq[http://www.reibang.com/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識(shí)別表達(dá)譜的潛在時(shí)間序列模式育韩，并將相似模式的基...
發(fā)簡信
IP屬地：四川
-
基因表達(dá)趨勢(shì)分析-2：Mfuzz -
如何獲得基因名與基因類型的對(duì)應(yīng)關(guān)系——下載GTF文件GTF文件是用于保存基因結(jié)構(gòu)信息的文件格式。它是基于通用特征格式（GFF）的制表符分隔文本格式耸黑，但包含一些特定的附加基因信息没炒。1.打開GENECODE網(wǎng)站 ，下載GTF文件 ...
-
edgeR差異基因分析的一般過程基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的定量表達(dá)值，識(shí)別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子，實(shí)際上方法還是非常多的步绸。但就目前來看掺逼，DESeq2和edgeR是出現(xiàn)頻率最高的兩種方法了吃媒。 DE...
-
Seurat中FindMarker尋找兩個(gè)cell type差異基因的若干方法加載示例數(shù)據(jù) 1.運(yùn)行Seurat 2.差異分析計(jì)算logFC值 其中：對(duì)象 cells cells包括兩種cell type的細(xì)胞barcodes（即每一個(gè)單獨(dú)的細(xì)胞）對(duì)象...
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣吕喘，如果不加設(shè)置赘那，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
-
Aspera——碾壓prefetch命令的存在, 利用SRR號(hào)批量高效下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)本節(jié)簡單介紹Aspera安裝和使用氯质，并給出利用SRR號(hào)批量下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)的方法募舟，通過比較發(fā)現(xiàn)aspera的下載速度與prefetch相比有了質(zhì)的飛躍 前言：我們下...
-
Kaplan-Meier生存分析的結(jié)果解讀和繪制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一種單因素生存分析，它可用于研究1個(gè)因素對(duì)于生存時(shí)間的影響闻察。參考：生存分析之Kaplan-Meier曲線都告...
-
R—生存分析—Kaplan-Meier + Log-rank test + Cox回歸參考教程：http://www.sthda.com/english/wiki/survival-analysis-basics[http://www.sthda.com/en...
-
EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請(qǐng)下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個(gè)月過去拱礁，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T，c4gh解碼失敗了一半有這些時(shí)間干點(diǎn)啥不好辕漂，裂...
-
多個(gè)10x單細(xì)胞對(duì)象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào)：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
-
scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布呢灶，單個(gè)液滴包含超過一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
-
最新5.8分非腫瘤純生信钉嘹，熱點(diǎn)基因集+機(jī)器學(xué)習(xí)+二次分型+單細(xì)胞鸯乃，又是一篇彎彎繞的文章！影響因子：5.8 研究概述： 骨關(guān)節(jié)炎(Osteoarthritis, OA)是一種退行性炎癥性關(guān)節(jié)疾病跋涣，是致殘的主要原因缨睡，以長時(shí)間活動(dòng)后的關(guān)節(jié)疼痛和僵硬為特征；Anoiki...
-
GSVA&ssGSEA:單樣本通路富集分析流程ORA富集分析只需要提供差異基因列表陈辱，GSEA富集分析還需要提供對(duì)應(yīng)差異倍數(shù)信息奖年。但二者都是基于差異分析得到的結(jié)果。Gene set variation analysis (...
-
R ESTIMATE計(jì)算免疫基質(zhì)得分以及腫瘤純度ESTIMATE計(jì)算免疫基質(zhì)得分以及腫瘤純度 1.概述 Estimate根據(jù)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來計(jì)算免疫基質(zhì)得分沛贪，也可得到腫瘤樣本的腫瘤純度 其原理本質(zhì)上是先收集好免疫基因集和基質(zhì)基...
-
從reads counts手動(dòng)計(jì)算TPM------------------------------------TPM 定義---------------------------------------------...
-
-
NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者揍堰，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
-
Conda環(huán)境的復(fù)制以及遷移
目的：將一個(gè)配置好的conda的環(huán)境移動(dòng)到另外一臺(tái)服務(wù)器上 步驟： （1）激活環(huán)境： (2)環(huán)境導(dǎo)出 (3)安裝復(fù)制環(huán)境