“流”的部首是水顽馋，“地”的部首是土寒矿，“俗“是人和谷施籍，水土之間是人和食物入蛆。有水涮母、有土忆家、有人庵芭，水土跟人抱著谷在一個地方生活抑钟，我就用這樣一個名字寫我自己出生涯曲、成長的地方。 最初聽到...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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流俗地（黎紫書）：這也是你我的生活 -
@Shexlu 一樣的在塔，按實填寫就行幻件。
人遺測序數(shù)據(jù)的備份備案及共享
為發(fā)表論文故，測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫蛔溃，對我們而言绰沥，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI，國內的可上傳至GSA贺待。其中徽曲，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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@廢材小新 可以截一部分出來看看麼
測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計 | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時麸塞，一般會提供質控后的clean data和后續(xù)的基礎分析結果秃臣。因為可能需要自己來進行數(shù)據(jù)的預處理，記得一定要拿回raw data哪工，同時弄清...
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@何斌_b680 不好意思哦奥此，我沒用過MAF文件，你可以找找有沒有現(xiàn)成的工具雁比，或者寫腳本轉
ANNOVAR | 注釋
標簽（空格分隔）： annovar 注釋 [TOC] 介紹 參考鏈接 http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/用于對S...
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@知識的嗨羊 不會這么慢的稚虎，檢查下網絡，重新
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為發(fā)表論文故偎捎，測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫蠢终，對我們而言，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI茴她，國內的可上傳至GSA寻拂。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human败京，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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@mumulin9 em...從個人有限的經驗來看兜喻，是可以的。需要特別注意赡麦，上傳后先不要釋放數(shù)據(jù)朴皆，生成臨時鏈接僅供reviewer查看帕识，是不能下載的。等備份備案號下來后遂铡，再行釋放肮疗。
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為發(fā)表論文故，測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫扒接，對我們而言伪货，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI，國內的可上傳至GSA钾怔。其中碱呼，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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@蘇荷_d47e 客氣啦~開心~
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最好發(fā)表前就進行
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我注冊時沒要求太多材料呀靶病，根據(jù)要求準備唄震肮， 咱們沒有討價還價余地呀??
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DESeq2差異分析十全大補使用筆記寫在前面：新手老菜鳥吹缔，個人心得商佑，不足之處歡迎交流指正；寫作不易厢塘，轉載前請聯(lián)系我征得同意茶没，謝謝肌幽。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
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其實篩選germline variant，因為關注的就是這個抓半。
1. INFO FIELD不同參數(shù)喂急，具體參考文獻里常用的參數(shù)或根據(jù)實際情況自己設定；2. 多種方法call后取交集笛求；3. 參考數(shù)據(jù)庫或文獻的已有報道廊移，一般別地兒報道了重疊區(qū)域的會更可信些。目前能想到的就這些探入。CNV calling | DELLY
基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis狡孔，檢測結構變異。 寫在前面 Delly is an integrated ...
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平時看文章時有碰到一些case report蜂嗽， 比如測了一個核心家系步氏，找到某個基因的致病突變，好像都沒怎么公開自己的原始數(shù)據(jù)徒爹。所以還是先看雜志要求吧荚醒，如果要公開就得備份備案。
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@蘇荷_d47e 如果雜志要求上傳原始數(shù)據(jù)到公開的數(shù)據(jù)平臺较剃，那就需要備案備份。
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@蘇荷_d47e 沒有范本馋没，可以大概說，經過了倫理審批降传，數(shù)據(jù)在國內企業(yè)產生篷朵，數(shù)據(jù)已備份，未來將上傳在XX數(shù)據(jù)平臺（如國內的GSA-human）婆排，數(shù)據(jù)僅限于公益性的科學研究等声旺。
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@蘇荷_d47e 沒有說必須是醫(yī)院，比如我所在單位屬于研究所谍椅，就是直接申請的误堡。公司這塊我不太清楚，可以在QQ群里問下工作人員雏吭。不過涉及到人遺數(shù)據(jù)锁施，個人建議還是自己來做比較好，一方面是數(shù)據(jù)留在自己手上杖们；另一方面悉抵，如果合作公司涉及外資，可能存在風險摘完。
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為發(fā)表論文故姥饰，測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫，對我們而言孝治，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI列粪，國內的可上傳至GSA。其中谈飒，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human岂座，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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@蘇荷_d47e PI一般是通訊作者，如果您是文章的通訊作者杭措，可以直接注冊賬號费什。GSA那邊會有老師審核的，建議添加官網的QQ群瓤介，工作時間回復率基本有問必答吕喘。
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為發(fā)表論文故，測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫刑桑，對我們而言，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI募舟，國內的可上傳至GSA祠斧。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human拱礁，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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是的琢锋，第二列辕漂。
ANNOVAR | 注釋
標簽（空格分隔）： annovar 注釋 [TOC] 介紹 參考鏈接 http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/用于對S...
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抱歉，應該是 “dedup_sample1.bam”吴超，跟上一步里的 -I是同一個文件钉嘹。我這里不小心寫了自己數(shù)據(jù)集的名稱。已改鲸阻，感謝提醒跋涣。
從fastq數(shù)據(jù)到SNV | GATK
00 寫在前面 僅針對人類WGS或WES數(shù)據(jù)，供參考鸟悴。時間管理某一點：能自動化的工作盡量自動化陈辱，不要時間用在毫無意義的重復上。腦袋好比肌肉细诸，需要不斷提高負重的鍛煉才能達到“有...
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bulk RNAseq | (3,4)差異表達,富集分析pipeline: QC >>> alignment >>> differential expression analysis >>> enrichment analysis...