讀取和匯總gistic輸出文件 maftools : Summarize, Analyze and Visualize MAF Files[https://rdrr.io/b...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）–使用maftools讀取和匯總gistic輸出文件（三） -
單細胞-注釋注釋是很關(guān)鍵的一步沉馆，這幾天先把注釋完全搞懂《谠辏現(xiàn)在有幾個問題需要解決： 1、搞清楚不同注釋方法（手動福铅、網(wǎng)站萝毛、用已發(fā)表的文章里面的去注釋同一測序樣品）；2滑黔、如何提取細胞亞群笆包，進行...
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R語言1----桑基（sankey diagram）圖的繪制--sankeyD3在生信分析或者一些其他的數(shù)據(jù)分析中略荡，經(jīng)常會需要繪制赦钟叮基圖，在這里推薦一個非常nice的R包-sankeyD3（類似于networkD3汛兜，但是比其功能更加完善）巴粪，其出的桑基圖比...
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空間轉(zhuǎn)錄組檢測靶點定量技術(shù)----Digital Spatial Profiler（DSP）hello，大家好肛根，今天給大家分享一個新的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)---Digital Spatial Profiler（DSP）辫塌，目前公司打算引進，我們來看看這個空間技術(shù)又有什么樣獨...
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R包VennDiagram的韋恩圖繪制及交集元素的提取韋恩（Venn）圖是常見統(tǒng)計圖之一派哲，用于展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數(shù)量（或比例）臼氨。 例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鑒定差異表達的基因狮辽。當(dāng)試驗涉及到...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的臨床和轉(zhuǎn)化價值作者，追風(fēng)少年i~ 8月了巢寡，馬上七夕節(jié)就要到了喉脖，在我們民間一直流傳著牛郎織女七夕鵲橋相會的神話傳說，從我記事開始抑月，每次七夕仰望星空树叽，也就見過一次銀河，希望這一次谦絮，也有這個福氣...
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10X單細胞個性化分析之CNV篇最近父親住院题诵，需要人照顧，需要資金层皱，所以不要臉的求一發(fā)大家的支持性锭。 目前單細胞分析而言，分析方向大致包括以下幾個方面叫胖，1）器官發(fā)育（這個用空間轉(zhuǎn)錄組更為合適）草冈；2）疾病樣本，...
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關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析二三事作者瓮增，追風(fēng)少年i 周一了怎棱，躺平了半年，說實話绷跑，躺平感覺是真的不錯拳恋，??，不過大家不要學(xué)我砸捏，人人都躺平谬运，那就真的沒啥希望了。 今天繼續(xù)分享關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析內(nèi)容垦藏，我們來深...
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2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理2022年4月份TCGA進行了更新吩谦，測序數(shù)據(jù)變成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式膝藕，現(xiàn)在變成star_gene_counts....
