需求 和這一篇的需求一致仑濒，不同公司的芯片原始數(shù)據(jù)處理方式也不同鳖眼，最終都是為了得到表達(dá)矩陣先慷，今天介紹的是illumina beadchip 芯片镣煮，用神奇的limma搞定它。找不...
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illumina beadchip 芯片原始數(shù)據(jù)處理 -
快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID對(duì)應(yīng)的description五芝，知道通路對(duì)應(yīng)的編號(hào)是多少猛频。2.找出某一個(gè)/幾個(gè)通路里的全部基因，用來做單獨(dú)的下游分析秘遏。 如果是要做KEGG的富集分析丘薛，cl...
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讓TCGA表達(dá)矩陣和臨床信息方便的匹配
0.背景 關(guān)于樣本id和分組信息：TCGA的樣本id里藏著分組信息[https://mp.weixin.qq.com/s/UohDh5fHkTPlwNp43ivWHg] TC...
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簡(jiǎn)單高效滴處理R語言里的小數(shù)
舉個(gè)栗子 這是一組隨機(jī)數(shù)，假如需要把這樣的一組數(shù)字放在圖里邦危，是需要整齊統(tǒng)一的顯示出來洋侨。基本上有兩種思路倦蚪，一是保留相同的位數(shù)希坚，二是用相同格式的科學(xué)計(jì)數(shù)法表示。 方法一：統(tǒng)一保留...
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哦陵且，走開裁僧，你這個(gè)可惡的離群值1.離群值是啥子[http://222.70.95.243:6893/files/tmp/%E7%A6%BB%E7%BE%A4%E5%80%BC%EF%BC%8C%E6%88...
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按照熱圖聚類結(jié)果來給樣本分組1.需求 如圖，熱圖自帶聚類樹慕购，將樣本(列)分成了三個(gè)簇聊疲。想要按照聚類的結(jié)果，獲取到 的信息沪悲，并將這個(gè)信息添加到熱圖上获洲。 2.作圖的數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)是個(gè)表達(dá)矩陣，行為基因可训，列為...
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emapplot-原來能用的函數(shù)昌妹，現(xiàn)在報(bào)錯(cuò)了腫么辦emapplot是富集分析可視化的一種，展示有共同基因的通路握截，詳見：http://www.reibang.com/p/c45cc2e3890f[https://www.ji...
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讓我們蕩起雙槳飞崖，重新認(rèn)識(shí)一下p值在正文之前先分享一點(diǎn)生活故事： 上周天傍晚，我閃著腰了谨胞，躺了一晚上不見好固歪，發(fā)朋友圈尋醫(yī)問藥了： 因?yàn)樽龅氖巧欧窒恚遗笥讶镝t(yī)學(xué)生和醫(yī)生非常多胯努，我想看他們?cè)趺凑f牢裳。我收到了幾...
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相關(guān)性系數(shù)和它的朋友們本文內(nèi)容是基于statquest-協(xié)方差與相關(guān)系數(shù)的學(xué)習(xí)筆記，介紹協(xié)方差叶沛、相關(guān)系數(shù)和R^1三個(gè)統(tǒng)計(jì)量蒲讯，并添加了R語言實(shí)現(xiàn)，我知道一寫統(tǒng)計(jì)學(xué)就會(huì)閱讀量暴跌灰署，沒人看就當(dāng)寫給自己看...