在分析TCGA數(shù)據(jù)庫里的RNA-seq數(shù)據(jù)之前其掂，先了解一下TCGA樣本的id名稱里的小秘密：參考文章：TCGA的樣本id里藏著分組信息 根據(jù)文章里的內(nèi)容湃鹊，我查看了前一篇文章里...
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TCGA的差異基因分析 -
GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（ID轉(zhuǎn)換）上一篇筆記記錄了如何下載芯片數(shù)據(jù)（GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀染盥）），這篇筆記繼續(xù)跟著視頻學習灾馒，視頻地址：here （一）如何從對象里提取表達矩陣 如果你要...
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RNA-seq(6): reads計數(shù)，合并矩陣并進行注釋任務(wù) 1.實現(xiàn)這個功能的軟件也很多绩衷，還是煩請大家先自己搜索幾個教程蹦魔，入門請統(tǒng)一用htseq-count，對每個樣本都會輸出一個表達量文件咳燕。2.需要用腳本合并所有的樣本為表達矩...
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RNA-seq練習 第二部分（基因組序列下載勿决，注釋文件下載，索引下載招盲，比對低缩，比對質(zhì)控,HTseq-count計數(shù)，輸出count矩陣文件）參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析詳細過程
RNA-seq分析簡潔版[http://www.reibang.com/p/72c871663e62],用重新下載的肝癌數(shù)據(jù)[https://www.ncbi.nlm.ni...
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基因組重測序分析全過程
已知達松維爾擬諾卡氏菌亞種是會導(dǎo)致人類放線菌瘤的環(huán)境生物，該樣本是來自Keddieii血根桿菌DSM 10542的通用樣品坏为，旨通過基因組重測序探索其和參考基因組有何不同究驴，找出...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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基因組重測序數(shù)據(jù)分析腳本
生成的文件說明： 1.~/Process/fastqc_result 用于存放質(zhì)量評估的結(jié)果2.~/Process/trim_out 用于存放過濾的結(jié)果3.~/Process...
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基因組數(shù)據(jù)的重測序分析我通過查資料獲得已知達松維爾擬諾卡氏菌亞種（cardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei）的基因組原始測序序列洒忧，我想知道這個亞種與達...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
