IP屬地：黑龍江
-
理解差異表達(dá)與GO分析
記錄跟差異基因分析相關(guān)的幾個概念拢切，主要摘自《R與Bioconductor》一書蒂萎。 基因表達(dá)差異的顯著性分析 簡稱表達(dá)差異分析，其目的是比較兩個條件（包括種屬淮椰、表型等）下的基因...
-
Shell 學(xué)習(xí)主穗、積累泻拦、成長
-
【基因組學(xué)】使用StringTie+gffread鑒定基因的新轉(zhuǎn)錄本寫在前面 ????轉(zhuǎn)錄組通常被用來尋找差異基因，但是有的時候我們想看一下已報道的基因是否存在可變剪切現(xiàn)象忽媒，即新轉(zhuǎn)錄本的挖掘争拐，這個時候就需要利用StringTie+gffrea...
-
DEseq2 均一化多個處理的樣本
我要做一個分析，需要用均一化的數(shù)據(jù)晦雨，學(xué)生說之前是需要兩兩去做DEseq2架曹，然后再做下游分析，我覺得太麻煩金赦。于是摸索了下音瓷，DEseq2可以均一化多個樣本。代碼如下：我這里是8個...
-
提取fasta文件特定ID序列,及其計算序列長度
參考： https://www.biostars.org/p/127141/快速計算fasta序列長度的方法 Tips： 有時候需要通過具體的ID夹抗，獲取序列信息绳慎，及其計算序列...
-
Bioinformatic workflow
給大家推薦個網(wǎng)站：https://bioinformaticsworkbook.org/projectManagement/Intro_projectManagement#g...
-
RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋請一定看這里：寫下來只是為了記錄一些自己的實踐，當(dāng)然如果能對你有所幫助那就更好了漠烧，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
-
Xshell6和Xftp6 破解免安裝版，無窗口多開限制上班第一天發(fā)現(xiàn)xshell6評估已過期度液，網(wǎng)上搜索破解版基本都是免費版的破解厕宗，有窗口多開限制，而且安裝包相對較大堕担，費了1個小時才找到一個免安裝綠色破解版的xshell6和xft...
-
RNA-seq snakemake 自動化流程教程很多已慢，隨便列兩個，強(qiáng)烈推薦學(xué)起來霹购，沒有python基礎(chǔ)也可以搞定 參考1參考2Snakemake搭建生信分析流程-簡介snakemake使用筆記[轉(zhuǎn)]snakemake-...
-
eQTL就那樣～（2）前言 我還未想到這個專題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”佑惠？ 6.GTEx數(shù)據(jù)庫是什么？ “人類GWAS-轉(zhuǎn)錄組-疾病表型補(bǔ)完計劃”，噢不膜楷，基因型-組織表達(dá)計劃（G...
-
一個完整的RNA-seq分析pipeline之HISAT2+ StrintTie+ Ballgown以及StringTie和Kallisto的比較(包括得到FPKM请垛、TPM催训、readscounts)最重要的參考鏈接 https://pmbio.org/course/#module-06-rnaseq github鏈接：https://github.com/griffit...
-
R 基本知識學(xué)習(xí)用于記錄R基本知識洽议，勤學(xué)勤練習(xí) grep 讀取文件，選擇不讀哪一行 去掉數(shù)據(jù)框的某一列,添加行名, 列名 sort strsplit 切割 t檢驗 paste, rep ap...
-
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）一漫拭、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先亚兄，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa采驻；Dimocarpus_longan...
