生信鲁纠、AI、大數(shù)據(jù)茂缚、育種甥绿。MiyuanBiotech
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【代謝組學(xué)】1.代謝組學(xué)簡(jiǎn)介
基本概念 代謝物：所有分子量小于1500Da的小分子物質(zhì)儿普，包括糖類贮竟、核苷丽焊、有機(jī)酸较剃、酮類化合物咕别、多肽技健、氨基酸、有機(jī)胺類惰拱、醛類化合物雌贱、脂質(zhì)、萜類偿短、類固醇欣孤、生物堿、小分子藥物等等昔逗。...
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5. 基于OTUs的alpha多樣性指數(shù)計(jì)算和可視化簡(jiǎn)介 1. 物種豐富度指數(shù)(Species richness)：群落中豐度大于0的物種數(shù)之和勾怒，一般用Observed OTU(observed species)表示婆排，只有物種...
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生物信息學(xué)
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免疫學(xué)相關(guān)多樣性指數(shù)
1. Chao1多樣性指數(shù)[http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1074963.html] chao1是度量物種豐富度的指標(biāo)段只，它和豐...
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行船于海赞枕，望眼星辰
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多樣性指數(shù)：辛普森指數(shù)和香農(nóng)-維納指數(shù)【導(dǎo)讀】多樣性指數(shù)是一種量化指標(biāo)，可反映數(shù)據(jù)集中有多少種不同類型坪创，并且可以同時(shí)考慮到這些種類的個(gè)體分布之間的系統(tǒng)性關(guān)系炕婶，例如豐富性，差異性或均勻性莱预。常用的多樣性指數(shù)有辛普森多...
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三代組裝之flye
方案1: 不糾錯(cuò)直接組裝古话。輸入數(shù)據(jù)分為兩種情況，一種是用所有的原始數(shù)據(jù)（包括長(zhǎng)度過(guò)濾2K/5K以下）锁施，一種則是選擇最長(zhǎng)的30X, 40X作為輸入陪踩。 miniasm: http...
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linux下的find文件查找命令與grep文件內(nèi)容查找命令
linux下的find文件查找命令與grep文件內(nèi)容查找命令 在使用linux時(shí)肩狂，經(jīng)常需要進(jìn)行文件查找。其中查找的命令主要有find和grep姥饰。兩個(gè)命令是有區(qū)的傻谁。 區(qū)別：(1...
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kmer分析的幾款軟件介紹1.jellyfish 運(yùn)行jellyfish 2.使用 GCE 進(jìn)行基因組大小評(píng)估 GCE 軟件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 兩支程序审磁。前者用于進(jìn)...
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過(guò)程态蒂，以菜鳥(niǎo)干貨為主杭措，大家有問(wèn)題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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基因結(jié)構(gòu)注釋（2）：同源注釋同源預(yù)測(cè)(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對(duì)，找到同源序列钾恢。然后在同源序列的基礎(chǔ)上手素，根據(jù)基因信號(hào)如剪切信號(hào)、基因起始和終止密碼子對(duì)基因結(jié)...
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4瘩蚪、RNAseq(4)--Hisat2進(jìn)行序列比對(duì)及Samtools格式轉(zhuǎn)化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對(duì)泉懦，確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對(duì)采取的方案不同疹瘦。分別是ungapped alignment to ...
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linux sed 替換（整行替換崩哩，部分替換）、刪除delete言沐、新增add邓嘹、選取
sed是一個(gè)很好的文件處理工具，本身是一個(gè)管道命令呢灶，主要是以行為單位進(jìn)行處理吴超，可以將數(shù)據(jù)行進(jìn)行替換、刪除鸯乃、新增鲸阻、選取等特定工作，下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式為...
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Biopython之gbff轉(zhuǎn)gff格式 2020-04-27gbff是NCBI基因組數(shù)據(jù)庫(kù)常見(jiàn)的基因組genebank格式文件缨睡，在實(shí)際分析中鸟悴，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff轉(zhuǎn)換gff格式的需求image.png ...
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HISAT2,StringTie奖年，Ballgown處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
HISAT2,StringTie细诸，Ballgown處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)思路如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控 將RNA-seq的測(cè)序reads使用hisat2比對(duì) samtools將sam文件轉(zhuǎn)成b...
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生物信息從業(yè)者震贵，關(guān)注AI制藥、癌癥水评、微生物領(lǐng)域
