鄭州大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院在讀研究生苫拍。
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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遺傳學(xué) 博士研究生在讀
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@果蠅飼養(yǎng)員的生信筆記 哦哦 好嘞 學(xué)習(xí)老師解答
使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析
clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫(xiě)的R包，看過(guò)了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無(wú)法自拔埃元。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔涝涤，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一岛杀、...
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@wo_monic 好的 我試試看 謝謝
構(gòu)建自己的R包--KEGG.db
參考地址在使用clusterProfiler時(shí)阔拳，KEGG注釋包，可以自定義类嗤。畢竟許多物種的數(shù)據(jù)庫(kù)是不完善的『Γ現(xiàn)在就自定義一個(gè)KEGG.db的包，用于KEGG注釋遗锣。 簡(jiǎn)單快捷方...
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老師 寫(xiě)得好好罪针！不過(guò)我疑惑就是：為什么一開(kāi)始獲得geneList之后就沒(méi)有看到這個(gè)使用這個(gè)變量了 geneList是后面用到的mydata嘛？ 另外GSEA不是用所有基因而非差異基因嘛 為什么DEgenelist要設(shè)置logFC>2呀 謝謝老師
使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析
clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫(xiě)的R包黄伊，看過(guò)了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無(wú)法自拔泪酱。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）还最。 一墓阀、...
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你好 為什么我在第二步就報(bào)錯(cuò)了 createKEGG::create_kegg_db("mmu")后報(bào)錯(cuò)：不能給維度小于二的對(duì)象設(shè)‘colnames’
構(gòu)建自己的R包--KEGG.db
參考地址在使用clusterProfiler時(shí)，KEGG注釋包拓轻，可以自定義斯撮。畢竟許多物種的數(shù)據(jù)庫(kù)是不完善的。現(xiàn)在就自定義一個(gè)KEGG.db的包扶叉，用于KEGG注釋勿锅。 簡(jiǎn)單快捷方...
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來(lái)自不同平臺(tái)GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)除去批次效應(yīng)除去-GEO案例分析 最近分析來(lái)自不同平臺(tái)的GEO數(shù)據(jù)，GEO分析推薦學(xué)習(xí)Jimmy大神的B站視頻枣氧，也可以學(xué)習(xí)我之前的教程溢十。limma和sva兩種方法進(jìn)行批次效應(yīng)去除...
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批次效應(yīng)學(xué)習(xí)
首先是學(xué)習(xí)優(yōu)秀的帖子 最近處理數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)同一個(gè)平臺(tái)的RNA-seq或者芯片數(shù)據(jù)，不同的樣本之間有時(shí)候竟然存在很大的差異达吞，也就是所謂的批次效應(yīng)张弛。因此學(xué)習(xí)了一下，并推薦一下優(yōu)秀的推...
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aglient芯片原始數(shù)據(jù)處理本文講的是aglient芯片原始數(shù)據(jù)的處理刻剥，參考資料是limma 的userguide文檔遮咖。GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的表達(dá)矩陣不符合預(yù)期，比如是空的造虏，或者是有負(fù)值的盯滚，那我們就處理一下...
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TCGA+biomarker——ROC曲線
通常情況下，通過(guò)以下幾種指標(biāo)來(lái)對(duì)模型進(jìn)行評(píng)價(jià)酗电。1）區(qū)分度：采用指標(biāo)C-index和ROC曲線來(lái)評(píng)價(jià)區(qū)分度，一般文章都是二選一内列。 C-index即一致性指數(shù)（index of ...
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單因素與多因素cox分析區(qū)別
說(shuō)來(lái)慚愧撵术，跟師姐聊天的時(shí)候，我按照傳統(tǒng)的生信思路把臨床特征做風(fēng)險(xiǎn)打分话瞧，然后定義高低風(fēng)險(xiǎn)打分嫩与，接著就是標(biāo)準(zhǔn)的生存圖、森林圖了交排。在做到森林圖的時(shí)候划滋，忽然被問(wèn)到，單因素與多因素的區(qū)...
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R-下載某一條通路的所有基因名字（KEGG）實(shí)例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中多巴胺通路相關(guān)的基因集 一埃篓、確定目標(biāo)通路 打開(kāi)KEGG選擇pathway处坪，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關(guān)鍵詞架专。 篩選結(jié)果顯示僅有hsa04728...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及臨床數(shù)據(jù)下載及整理一同窘、TCGA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)下載及整理 ①進(jìn)去先看cart是否為空，沒(méi)有要清空部脚。 ②下載轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) 基因表達(dá)量包括LncRNA和mRNA想邦，用矯正后的FPKM下載3個(gè)文件 ③下載數(shù)據(jù)...
