歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"扇单！ 在GATK4的best practice中姓惑，不再像以前那樣給出每個步驟對應(yīng)的代碼囊咏，而是直接給出了官方使用的pipeline蚂夕。這些pipeline采...
發(fā)簡信
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GATK官方推薦的workflow語言-WDL
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爬蟲抓取OncoKB數(shù)據(jù)庫中腫瘤基因靶向藥物信息通過驅(qū)動瀏覽器爬取OncoKB數(shù)據(jù)庫中"基因——腫瘤——靶向藥物"等信息。 1. 安裝Chrome瀏覽器吨悍，下載并配置ChromeDriver胚想，將其加入到環(huán)境變量中。 下圖方框...
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CIBERSORT：反卷積推測bulk中的細(xì)胞類型五一學(xué)了一個新的分析方法-CIBERSORT暂衡，這個包其實(shí)很早就想學(xué)的询微，因?yàn)楝F(xiàn)在一般的單細(xì)胞文章的套路，很難不用到它古徒，那么它能干什么呢拓提？它能夠推測出bulk RNA每一個樣本中...
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cellphoneDB代碼及原理簡介簡介 cellphoneDB作為使用最廣泛的單細(xì)胞通訊軟件之一，已經(jīng)得到了學(xué)者廣泛的認(rèn)可隧膘，它的龐大的數(shù)據(jù)庫也一直在更新代态。簡短說一下原理，它是基于 UniProt疹吃、Ensemb...
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TGF-b信號通路 必知必會TGF-b信號通路 文章目錄： 1.TGFb信號通路概述 1.1.基本概括 1.2 信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路 2.TGFb受體差異 1.TGFb信號通路概述 1.1.基本概括 TGF-β...
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seurat-ScaleData()源碼解析一蹦疑、ScaleData()簡介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化萨驶。ScaleData()[http...
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velocyto.R畫圖中箭頭的指向前言 Gene在轉(zhuǎn)錄為mRNA的過程中會經(jīng)歷splicing歉摧，RNA剛轉(zhuǎn)錄出來（此時稱之為前體RNA）是沒有經(jīng)歷過splicing的，而剪切過的RNA（此時稱之為mRNA）從...
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通過ggh4x調(diào)整ggplot2圖形刻度ggh4x軟件包是ggplot2擴(kuò)展軟件包腔呜。它提供了一些不完全符合“圖形語法”概念的實(shí)用程序功能但在調(diào)整ggplots時仍然有用 下面通過幾個小例子來展示一下ggh4x的功能...
