歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"帘不！ 在GATK4的best practice中潭陪，不再像以前那樣給出每個步驟對應(yīng)的代碼，而是直接給出了官方使用的pipeline票髓。這些pipeline采...
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GATK官方推薦的workflow語言-WDL
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爬蟲抓取OncoKB數(shù)據(jù)庫中腫瘤基因靶向藥物信息通過驅(qū)動瀏覽器爬取OncoKB數(shù)據(jù)庫中"基因——腫瘤——靶向藥物"等信息。 1. 安裝Chrome瀏覽器葱淳，下載并配置ChromeDriver沮协，將其加入到環(huán)境變量中。 下圖方框...
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CIBERSORT：反卷積推測bulk中的細(xì)胞類型五一學(xué)了一個新的分析方法-CIBERSORT啦辐，這個包其實(shí)很早就想學(xué)的谓传，因?yàn)楝F(xiàn)在一般的單細(xì)胞文章的套路，很難不用到它芹关，那么它能干什么呢续挟？它能夠推測出bulk RNA每一個樣本中...
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cellphoneDB代碼及原理簡介簡介 cellphoneDB作為使用最廣泛的單細(xì)胞通訊軟件之一，已經(jīng)得到了學(xué)者廣泛的認(rèn)可侥衬，它的龐大的數(shù)據(jù)庫也一直在更新诗祸。簡短說一下原理跑芳，它是基于 UniProt、Ensemb...
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TGF-b信號通路 必知必會TGF-b信號通路 文章目錄： 1.TGFb信號通路概述 1.1.基本概括 1.2 信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路 2.TGFb受體差異 1.TGFb信號通路概述 1.1.基本概括 TGF-β...
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seurat-ScaleData()源碼解析一直颅、ScaleData()簡介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后博个，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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你好 使用更低版本R后 monocle2還報錯嗎
R和monocle包的版本不兼容
monocle包（2.24.1）的orderCells報錯廣為人知功偿，但我在跑estimateSizeFactors()函數(shù)時候也遇到了報錯 這個報錯非常小眾盆佣，全網(wǎng)都比較難找到...
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velocyto.R畫圖中箭頭的指向前言 Gene在轉(zhuǎn)錄為mRNA的過程中會經(jīng)歷splicing，RNA剛轉(zhuǎn)錄出來（此時稱之為前體RNA）是沒有經(jīng)歷過splicing的械荷，而剪切過的RNA（此時稱之為mRNA）從...
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通過ggh4x調(diào)整ggplot2圖形刻度ggh4x軟件包是ggplot2擴(kuò)展軟件包罪塔。它提供了一些不完全符合“圖形語法”概念的實(shí)用程序功能但在調(diào)整ggplots時仍然有用 下面通過幾個小例子來展示一下ggh4x的功能...
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跟著高分SCI學(xué)作圖 -- 復(fù)雜熱圖+漸變色連線從這個系列開始，師兄就帶著大家從各大頂級期刊中的Figuer入手养葵，從仿照別人的作圖風(fēng)格到最后實(shí)現(xiàn)自己游刃有余的套用在自己的分析數(shù)據(jù)上征堪！這一系列絕對是高質(zhì)量！還不趕緊點(diǎn)贊+在看...
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Sincast：利用bulk RNAseq定義細(xì)胞功能亞群前言 說到對單細(xì)胞亞群進(jìn)行定義关拒，那對很多分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的小伙伴來說都是最頭疼的事情之一了佃蚜。因?yàn)槎x細(xì)胞的正確與否直接關(guān)系到后續(xù)分析所有結(jié)果的準(zhǔn)確性，所以針對單細(xì)胞注釋的解決方...
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clusterprofier提取子集可視化
想偷個懶着绊，不想自己用ggplot生成谐算，想直接用dotplot可視化自己選擇的一些通路，如果直接進(jìn)行提取的話可能會有問題归露，生成的是dataframe洲脂，dataframe不能直接...
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熱點(diǎn)綜述 | 腫瘤微環(huán)境中的細(xì)胞間通信推斷和分析：數(shù)據(jù)資源和計(jì)算策略
量化腫瘤微環(huán)境（TME）中各種細(xì)胞類型之間和內(nèi)部的串?dāng)_，有助于開發(fā)用于腫瘤靶向治療的工具剧包】纸酰《Briefings in Bioinformatics》發(fā)表了一篇綜述文章，介紹了...
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R語言: 從pheatmap無縫遷移至ComplexHeatmap
pheatmap是一個非常受歡迎的繪制熱圖的R包疆液。ComplexHeatmap包即是受之啟發(fā)而來一铅。你可以發(fā)現(xiàn)Heatmap()函數(shù)中很多參數(shù)都與pheatmap()相同。在p...
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pak包：一條指令解決包的安裝問題堕油，支持CRAN潘飘，Bioconductor和Github，還支持自動更新R語言有很多強(qiáng)大的包掉缺，而且各種包之間還相互依賴卜录，尤其是CRAN和Bioconductor還經(jīng)常相互依賴，但是安裝指令卻不一樣眶明，再比如Github上的包艰毒，有時候更新的話還要重新...
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SCPA（三）：具有擬時序特征的通路活性評估
前言 單細(xì)胞的擬時序分析是利用算法模擬不同細(xì)胞之間的分化趨勢，目前已經(jīng)是一種相對常規(guī)化的分析手段赘来。通過擬時序分析现喳，可以模擬不同細(xì)胞之間的潛在分化聯(lián)系凯傲，因此可以起到動態(tài)預(yù)測的作...
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用小餅圖代替點(diǎn)圖里的點(diǎn)0.起因 最近在群里看到一個圖，棒棒糖圖的點(diǎn)用餅圖代替了嗦篱。 然后又看到一個文章里冰单，用餅圖代替了富集分析的點(diǎn)圖，妙啊~ 這個地球上有什么漂亮的圖能躲過我的小胖手呢灸促？畫他诫欠！ 1....
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時序分析什么是擬時序分析？擬時序（pseudotime）分析浴栽，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析荒叼，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程。我...