首先制作bed格式的文件包含基因組全部的外顯子區(qū)域坐標(biāo)如下： 從vcf文件中提取位于exon區(qū)域的變異位點
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配對樣本基因表達趨勢：優(yōu)化前后的散點連線圖+拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第三個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的歸一化/標(biāo)準(zhǔn)化處理1.前言 目的：調(diào)整由于技術(shù)磷脯，如處理、上樣、預(yù)分、儀器等造成的樣本間誤差涂乌。這實際上是一種數(shù)據(jù)縮放的方法。一般在一個表達矩陣中，會涉及到多個樣本舵匾，其表達量差異比較大，不能直接進...
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基因功能富集方法和基因注釋數(shù)據(jù)庫介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過表達分析ORA慢叨、功能分類打分FCS纽匙、基于同路拓撲結(jié)構(gòu)PT和基于網(wǎng)絡(luò)拓撲結(jié)構(gòu)NT和基因富集分析GSEA。...
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使用clusterProfiler進行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包拍谐，看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔烛缔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔馏段，加上了我的測試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一践瓷、...
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文獻閱讀筆記：CUT&RUN這篇文獻閱讀筆記比較長院喜，屬于CUT&RUN比較早的一篇綜述了。是2017年發(fā)表在eLife上的晕翠。這篇文章通過把CUT&RUN與ChIP等方法從各個方面進行了比較喷舀，詳細的說明了...
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DESeq2差異分析十全大補使用筆記寫在前面：新手老菜鳥，個人心得淋肾，不足之處歡迎交流指正硫麻；寫作不易，轉(zhuǎn)載前請聯(lián)系我征得同意樊卓，謝謝拿愧。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
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相關(guān)性熱圖關(guān)于相關(guān)性，表示數(shù)據(jù)之間的相互依賴關(guān)系碌尔。但需要注意浇辜，數(shù)據(jù)具有相關(guān)性不一定意味著具有因果關(guān)系。 相關(guān)性在組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘中應(yīng)用非常廣唾戚，如樣本的重復(fù)檢驗柳洋、基因的共表達分析、微生物群落...
