中科院研究生在讀，努力學(xué)習(xí)中
IP屬地：黑龍江
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊，它打包了htslib-1.3挨措、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能锣夹，...
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Linux查看服務(wù)器內(nèi)存狰住、磁盤焕参、cpu轻纪、網(wǎng)絡(luò)占用、端口占用情況
1叠纷、查看物理CPU個數(shù)：cat cat /proc/cpuinfo | grep "physical id" | sort | uniq | wc -l 2、查看服務(wù)器CPU...
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使用trim_galore對數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制-過濾寫在前面參考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]參考2[http://www.reibang.com...
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bowtie序列比對軟件的使用（2019.4.19）
Bowtie是一個超級快速的，較為節(jié)省內(nèi)存的短序列拼接至模板基因組的工具掂僵。它在拼接35堿基長度的序列時航厚，可以達(dá)到每小時2.5億次的拼接速度。Bowtie并不是一個簡單的拼接工...
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使用「語雀」搭建個人博客
[https://www.yuque.com/yuque] 原文地址：https://www.yuque.com/2book/soft/awxuwy[https://www....
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No.1 第三代測序單分子熒光測序之Pacbio 測序原理
測序原理：邊合成邊測序 測序特點(diǎn)： 1. 四色熒光基團(tuán) 分別將四色熒光基團(tuán)標(biāo)記在脫氧核苷酸的磷酸基團(tuán)的末端。當(dāng)堿基配對完成之后芹扭，隨著磷酸基團(tuán)的掉落而掉落麻顶，并且不會影響后續(xù)的測...
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比對軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里赦抖，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個很火的軟件：STAR辅肾。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者队萤，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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GEO2R的limma差異分析流程【芯片microarray數(shù)據(jù)】附limma+RNAseq參考學(xué)習(xí)GEO提供的GEO2R在線差異分析工具使用的代碼流程。筆記里的代碼在理解每一步的基礎(chǔ)上矫钓，部分做了修改要尔。但大致思路不變，即使用limma包對芯片測序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析(暫...
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努力努力再努力~<br>個人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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轉(zhuǎn)錄因子
轉(zhuǎn)自iProteome，略有修改概龄，作者：項杭匆帚，翻譯自2018年 CELL文章The Human Transcription Factors， 授權(quán)轉(zhuǎn)載旁钧。ScienceDire...
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搬磚的工人<br>
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我是如何提高自己的「編程能力」的歪今？
上周的投票嚎幸，大家最關(guān)心的還是提高技術(shù)，那我們今天就來聊聊這個話題寄猩。 之前主要分享的多是算法和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)方面（年后繼續(xù)）嫉晶，因為我認(rèn)為算法和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是程序員最最最重要的內(nèi)功，但是并...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.6富集分析--GESA如前所說田篇，過表達(dá)富集分析有不少缺點(diǎn)替废。因此以GSEA為代表的FCS方法也是人們所傾向的選擇。接下來將簡單了解下方法原理泊柬，并利用差異分析數(shù)據(jù)實(shí)操一遍~ 1椎镣、基礎(chǔ)知識 GSEA,g...
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修身 齊家 治國 平天下
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生信Linux常用命令（更新中）
一状答、壓縮和解壓縮 1.“.tar.gz”結(jié)尾的文件: tar tar -cf newfile.tar file1 file2#將file1，file2文件打包到newfile...
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每天學(xué)習(xí)一點(diǎn)點(diǎn)<br>
