兜兜轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)崖叫，三年的折騰欣范，終究是要畫上一個句話变泄。兩地飛行令哟，讓我硬生生成了“尊貴”的vip。一十四年妨蛹，兩個七年屏富。我們熬過了第一個，熬不過第二個蛙卤。我本來就不是一個喜歡有變化的人狠半。甚至...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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隨筆 | 時間到了名秀，也是時候了。
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【比較基因組】共線性分析（WGDI）如果一個物種在進(jìn)化過程中發(fā)生了多倍體化，那么表窘，在基因組上就會存在一些共線性區(qū)域（即兩個區(qū)域之間的基因是旁系同源基因典予，其基因的排布順序基本一致）。多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍...
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ROGUE計算cell cluster的純度
前言 近期乐严，張澤民教授團隊開發(fā)了一種在cell cluster里面計算純度的算法ROGUE，什么意思呢衣摩？經(jīng)過傳統(tǒng)的降維方式（t-SNE昂验，UMAP）降維聚類后的cell clu...
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DESeq雙因素差異分析單因素差異分析 對于DESeq來說，常用的單因素的差異分析已經(jīng)比較多了艾扮， 一般來說既琴，對于基因的表達(dá)矩陣，放在前面的為對照組泡嘴，后面的為處理組甫恩，所以結(jié)果為后面的比較前面的并且對于...
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玉米轉(zhuǎn)錄組的KEGG和GO富集分析1.GO富集 使用orgDb 通過使用Bioconductor的AnnotationHub在線檢索并抓取OrgDb。非模式基因GO富集分析：以玉米為例+使用OrgDb[htt...
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好好學(xué)酌予！這技術(shù)值一篇Plant physiology磺箕！今天看到Plant physiology在線發(fā)表了一篇文章。 In this study, we developed a software package, named Gr...
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等位基因特異性表達(dá)(ASE)及順反式調(diào)控研究的相關(guān)分析整理
在對動植物雜交種（或F1子代）的基因組和轉(zhuǎn)錄組的關(guān)聯(lián)研究中抛虫，要回答這么一個問題：基因組變異到底與基因表達(dá)有什么關(guān)系松靡？ 這個問題很難，因為涉及影響基因表達(dá)調(diào)控的因素可太多了建椰！多...
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暫別簡書雕欺，后會有期
我不是老師，也不是大神棉姐，更不是前輩屠列。我只是個普通的科研工作者，一個只想努力變得更好的人伞矩。 來到簡書快3年了笛洛，期間寫了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴(yán)重時wfh的時候?qū)懙呐び酢Ｖ两?..
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動態(tài)交互撞蜂！感興趣的基因標(biāo)記在 KEGG Pathway 通路圖上寫在前面 近期輔助課題組成員做一些上游數(shù)據(jù)分析盲镶，于是跑了前面搭建的流程并準(zhǔn)備了系列分析結(jié)果文件，大體如下： 在其中「差異表達(dá)分析」的文件夾中蝌诡，有系列文件溉贿，包括 KEGG Pa...
