TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估，功能非常強大，要說缺點，可能就是真的有點慢红柱。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
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無偏估計今天學(xué)習(xí)到一個名詞，無偏估計加缘。如何理解“不論總體服從什么分布，樣本均值是總體均值的無偏估計量”這句話觉啊，什么是無偏估計呢生百？ 均值的無偏估計 比如我們想知道一個群體的平均身高，但...
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ASMC計算位點溯祖時間ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price實驗室開發(fā)的算法柄延，相關(guān)文章發(fā)表在2...
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文獻閱讀：Negative selection in humans and fruit flies involves synergistic epistasis這是2017年哈佛大學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)教授Shamil R. Sunyaev發(fā)表在Science上的一篇文章蚀浆。 背景 負選擇是自然選擇很重要的一種，通過剔除有害突變搜吧，保證物種不...
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學(xué)習(xí)tidyverse - 數(shù)據(jù)可視化(1)我學(xué)習(xí)的主要是這本書R for Data Science[https://r4ds.had.co.nz/index.html]. 上圖是我們處理數(shù)據(jù)的流程 導(dǎo)入：首先市俊，必須將...
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Fastsimcoal2 模擬群體案例假設(shè)我們想模擬經(jīng)歷了以下群體演化歷史的群體樣本： 我們在3popDNASFS.par文件中來描述這個群體演化歷史的過程，這個演化過程是時間回溯的滤奈，從下往上依次來描述這個過程：...
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D 統(tǒng)計量檢測遺傳滲入ABBA-BABA test ABBA-BABA 統(tǒng)計（也稱為 D 統(tǒng)計）為嚴格二叉進化歷史的偏差提供了一種簡單而強大的測試摆昧。 因此，它們經(jīng)常用于使用基因組規(guī)模的 SNP 數(shù)...
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不完全譜系分選關(guān)鍵詞：祖先多態(tài)蜒程。 假設(shè)有兩個連續(xù)分支事件發(fā)生绅你，一開始產(chǎn)生了物種 A，然后是物種 B 和物種 C昭躺。 現(xiàn)在忌锯，假設(shè)ABC的祖先攜帶了我們所研究基因的2個不同的單倍型，可能湊巧在物...
