善良土豆 - 簡書

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善良土豆

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耶鹿

HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對 unique mapping reads
把read比對到基因組之后，需要提取唯一比對來進(jìn)行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對的命令轻腺，所以需要對比對結(jié)果sam文件進(jìn)行提取部凑，可以通過sam...

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毛線東東a

基于R的線性混合效應(yīng)模型分析
以下只是我自己學(xué)習(xí)LMM所做的筆記臼氨，并不保證完全正確电谣。基于R的線性混合效應(yīng)模型(linear mixed effects models)分析 why 為什么要采用線性混合效...

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亮亮就是亮

一文讀懂Ka/Ks
什么是Ka/Ks The ratio of the number of nonsynonymous substitutions per nonsynonymous site ...

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wanghaihua888

R包vegan的Mantel tests
R包vegan的Mantel tests Mantel tests是確定兩組距離測度矩陣（而非兩組變量矩陣）之間相關(guān)性的相關(guān)性測試方法尼酿，用于判斷一個矩陣中的樣本距離與另一矩陣...

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生信修煉手冊

GATK4 最佳實(shí)踐-生殖細(xì)胞突變的檢測與識別
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"拾积！ GATK4 對于體細(xì)胞突變和生殖細(xì)胞突變的檢測分別給出了對應(yīng)的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...

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lakeseafly

你知道如何比較兩個VCF文件嗎殉挽？
最近工作中遇到需要比對兩個不同的VCF文件，看看兩個VCF文件中哪些變異位點(diǎn)是相同的拓巧，哪些是不同的斯碌。為了尋找解決辦法，于是求救Google肛度，發(fā)現(xiàn)了一篇非常不錯的教程傻唾。于是今天...

9008 0 26
caoqiansheng

ggplot2 008 箱線圖及小提琴圖
1.箱線圖 Box plots 1.1 語法 geom_boxplot( mapping = NULL, data = NULL, stat = "boxplot", pos...

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xiaoji_hb

gatk4使用總結(jié)
昨天看了gatk的官網(wǎng)，從2018年發(fā)布正式版的4.0.0開始承耿，到現(xiàn)在已經(jīng)更新到4.1.8冠骄，在速度和準(zhǔn)確度上都有了大幅的提升伪煤。gatk4除了整合picard軟件之外，在使用上...

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香波地海

種康院士耐冷信號通路
Cold signaling in plants: Insights into mechanisms and regulation ##Xiao yu Guo ; Dongf...

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