240 發(fā)簡(jiǎn)信
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    sam的格式和duplication的4種原因

    picard解釋flag的官網(wǎng)鏈接:https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html [DNA-Seq] ...

  • 2020-08-25 R學(xué)習(xí)資源

    轉(zhuǎn)載自https://github.com/iamericfletcher/r-learning-resources/blob/main/code_of_conduct.md...

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    基因突變檢測(cè)之Mutect2

    寫在前面的話 今天是2021年1月3號(hào)眠副,年底一番瞎忙活,停更了好長(zhǎng)一段時(shí)間的簡(jiǎn)書竣稽。人生中有個(gè)很重要伯樂(lè)導(dǎo)師告訴我囱怕,在這個(gè)事多的工作環(huán)境下,沒(méi)人愿意看你太多的廢話毫别。直奔重點(diǎn)才是...

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    GATK4插件Mutect2參數(shù)解析

    作者按 最近在準(zhǔn)備著換一個(gè)職業(yè)賽道娃弓,所以在做之前所有項(xiàng)目的回溯,遇到了最最基礎(chǔ)的SNV+Indel的流程岛宦,給別人重新講了一遍Mutect2的過(guò)濾規(guī)則和參數(shù)選擇台丛,發(fā)現(xiàn)這個(gè),含金...

  • GATK入門的最佳姿勢(shì)

    GATK砾肺,全稱是Genome Anlysis Toolkit挽霉,顧名思義,是一套用于分析基因組的工具箱变汪。主要功能是尋找變異位點(diǎn)和基因分型侠坎,但是實(shí)際上功能超多,導(dǎo)致初學(xué)者都不知道...

  • 請(qǐng)問(wèn)這個(gè)bed文件是運(yùn)行過(guò)程中生成的還是自己從網(wǎng)站下載提供給程序的?如果是mouse的話是否可以直接到ucsc下載徘熔?不太理解這個(gè)bed的意義门躯,求指教。

    GATK Best Practices — step1 數(shù)據(jù)預(yù)處理(Data Pre-processing)

    一近顷、數(shù)據(jù)預(yù)處理(Data Pre-processing)介紹 這一步主要是對(duì)BWA得到的bam進(jìn)行一系列處理(包括sort/dup的標(biāo)記/堿基質(zhì)量值矯正)生音,最終得到GATK ...

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